После перерыва обсуждение проблем образования продолжилось. Пуришкевич допустил очередную гнусную выходку, сказав, что среди совета старост Санкт-Петербургского университета есть женщина, которая «находится в близких физических сношениях со всеми членами совета». На кадетских скамьях поднялся шум, послышались выкрики: «Негодяй! Вон!» Хомяков с председательского кресла заявил, что «на совести того, кто говорит, лежит ответственность за сказанное». П.Н. Милюков высказался с места: «Бесполезно взывать к совести Пуришкевича!» После этого Дума превратилась в базар. Справа кричали: «Вон Милюкова, вон Милюкова!» Председатель взывал: «Вы не должны допускать безобразий». «Это Вы не должны допускать безобразий», – парировал Милюков. Хомяков в ответ заметил: «Со скамьи перебраниваться с Председателем Вы права не имеете. Вы запишитесь, а сейчас Вы слова не получите… Я останавливаю того, кого считаю нужным, и указки Вашей не требую». «Вы допускаете безобразия», – настаивал Милюков. В обстановке всеобщего крика объявили перерыв.
После перерыва Николай Алексеевич сделал заявление. «Я просмотрел стенограмму последних минут прошлого заседания и усмотрел, что член
Государственной Думы Пуришкевич позволил себе совершенно недопустимые слова в собрании, которое сколько-нибудь уважается говорящим. Он позволил себе оскорбить, хотя и анонимно, женщину в выражениях самой невозможной формы. Это вызвало то естественное негодование, которое проявилось в стенах Государственной Думы. Ввиду этого я считаю невозможным допустить члена Государственной Думы Пуришкевича продолжать свою речь. Но тем не менее, несмотря на то что случилось, я не могу не сказать, что члены Государственной Думы позволили себе совершенно невозможное отношение к инциденту и к Председателю. Во главе этого шума, этих криков, к сожалению, стоял лидер одной из больших фракций. Два раза мною было сделано замечание члену Государственной Думы Милюкову, который, несмотря на мои замечания, продолжал вести себя не так, как надлежит вести себя члену Государственной Думы. Поэтому я ставлю ему на вид самым серьезнейшим образом, что такое действие недопустимо и, скажу, постыдно со стороны человека, который должен бы уважать Государственную Думу».
Это заявление опять вызвало шум в зале. Милюков кричал: «Я против этого протестую, „постыдно“ – нельзя говорить», справа раздавались голоса: «Исключить Милюкова, исключить Милюкова». Заседание все-таки продолжилось, но стало последним для Хомякова как председателя Государственной думы: правые подали протест по поводу объявления перерыва по требованию кадетов. В нем отмечалось, что «неумелое несение г. Председателем его ответственных обязанностей причиняет постоянный вред ходу деловых занятий Государственной Думы и осложняет положенье дел, внося пристрастие и произвол».
По окончании заседания Хомяков имел разговор с П.А. Столыпиным, который высказал серьезные претензии в связи с инцидентом, когда министру Шварцу не дали говорить. Это, видимо, стало последней каплей. В конце разговора Хомяков сообщил Столыпину, что он больше не председатель и со всеми дальнейшими вопросами надлежит обращаться к В.М. Волконскому – товарищу председателя Государственной думы. Волконскому Николай Алексеевич тут же направил письмо: «Милостивый государь князь Владимир Михайлович. Не считая для себя возможным далее нести обязанности Председателя, покорно прошу Вас доложить о сем в ближайшем заседании. Сегодня мною будет сделано то же заявление в собрании Старейших».
4 марта, в восемь часов вечера, руководители фракций собрались на обычное заседание. Хомяков, против обыкновения, опаздывал. Войдя, он объявил о своем решении, заверил, что оно непоколебимо, и уведомил собравшихся, что скоро приедет товарищ председателя Шидловский, который и будет вести заседание.
Политическая нейтральность, ненадуманная внепартийность этого деятеля способствовали его избранию – правда, скорее не по положительным мотивам, а больше потому, что никто не был особенно против; но беда в том, что никто также не был особенно за. Мы склонны согласиться с Н.Н. Львовым: человек без предубеждений, Хомяков, «когда нужно было сблизить правительство с обществом, умело ввел Государственную Думу из безбрежного разлива в русло законодательной работы…Государственная Дума превратилась из революционного очага в жизненный орган государства». Действительно, здесь заслуга думского председателя неоспорима.
Однако, практически единогласно избрав Хомякова, и левые, и правые на самом деле рассчитывали, что смогут преодолеть его добродушную нейтральность, сделав более лояльным к себе, нежели к другим. На его полное послушание небезосновательно полагалось и правительство. Когда же Хомяков стал честно и непредвзято делать свою работу, все начали нервничать – в Думе стало слишком жарко. Н.Н. Чебышев писал, что «эта нейтральность отмежевывала от него барьером низы форума». Не выдержав нападок со всех сторон, Николай Алексеевич махнул на все рукой и уехал в Сычевку.