Активная позиция Караулова – убежденного антиклерикала и либерала-христианина – снискала ему славу одного из опаснейших противников для право-националистической части Думы и черносотенных сил в стране. Дело неоднократно доходило до прямых оскорблений с правых думских скамей, что затем становилось предметом широкого обсуждения в обществе. Так, 5 мая 1909 года Василий Андреевич включился в дискуссию по вопросу о восстановлении политических прав лиц, лишенных священнического сана или оставивших духовный сан: «Существует попытка самый церковный клир обратить в крайнюю политическую партию, и партию, для которой политическая терпимость и разборчивость в средствах не составляет характерной добродетели». В своей яркой речи он привел пример из «Московских ведомостей»: в 1908 году тридцать два епископа Русской Православной церкви стояли во главе отделов Союза русского народа. В этот момент волынский депутат, лидер житомирских черносотенцев П. В. Березовский (Березовский 2-й) с места громко крикнул Караулову: «Острожник!» Тот парировал: «Член Государственной думы Березовский 2-й назвал меня острожником. Я на такого рода замечания здесь не отвечаю.
Еще больший резонанс в общественных кругах имел инцидент, случившийся на вечернем заседании Думы 18 мая 1910 года, при обсуждении вопроса о введении земств в западных губерниях. Когда Караулов, получив слово, вышел к трибуне, активный член Союза русского народа и «Союза Михаила Архангела», священник Александр Вераксин, громко крикнул ему: «Каторга!» В этот раз Василий Андреевич дал развернутую отповедь: «Да, почтенный отец, я каторга, и с бритой головой и с кандалами на ногах, я мерил бесконечную Владимировку за то, что смел желать и говорить о том, чтобы вы были собраны в этом собрании… То, что я был каторжным, составляет мою гордость на всю мою жизнь. В той могучей волне, которая вынесла вас в эту залу, есть капля моей крови и моих слез… и это дает мне повод оправдывать мое существование перед Богом и людьми.
В той же речи 18 мая В.А. Караулов ответил и на предложение епископа Евлогия существенно расширить квоту православных священников в земствах западных губерний (в обоснование этой позиции люблинский епископ приводил депутатам длинные цитаты из «Истории» В.О. Ключевского). «Я согласен с владыкой, – сказал Василий Андреевич, – русское духовенство сыграло большую и почетную роль в русской истории, и та характеристика, приведенная владыкою из Ключевского, к духовенству первых веков нашего христианства, к духовенству нашего раннего средневековья совершенно приложима, но с тех пор, как церковь была подчинена и порабощена государством, эта характеристика к духовенству неприложима… Это духовенство, это белое духовенство, бедное, несамостоятельное, подчиненное, привыкшее слушаться и боящееся не послушаться, потому, что оно знает, чем непослушание грозит, оно в земские собрания явится не со свободными голосами; оно в земских собраниях будет творить волю своего начальства, вольного голосования от него не ждите и не имеете права ждать… Я не враг низшего духовенства, я скажу, что оно невиновно, и ему обвинения этого я не брошу, от людей нельзя требовать героизма, и для них, чтобы быть самостоятельными, надо быть героями, на требования чего мы не имеем никакого права.