Царь в 1562 году издает указ, которым ограничиваются права княжат на распоряжение своими вотчинами. Флетчер сообщает нам, что, подвергая опале княжат, Иоанн отнимал у них вотчины и давал поместья в других местах, разрывая, таким образом, связь между населением и бывшими удельными князьями.
Недовольные порядком вещей, по Курбскому, имеют право отъехать. На теорию потомка князей Ярославских внук греческой царевны отвечает своей теорией. По его словам, царская власть установлена Богом; назначение царя – покровительствовать благим, карать злых.
В обширном ответе Грозного замечательно, между прочим, указание на то, что духовные не должны мешаться в светские дела, составляющее опровержение слов Курбского о благих советах Сильвестра. Отъезд Курбского и его резкое послание еще сильнее возбудили подозрительность царя. Он стал готовиться к нанесению решительного удара тем, кого считал своими врагами. Для этого нужно было убедиться, насколько можно было рассчитывать на бездействие народа. С этой целью 3 декабря 1564 года Иоанн, взяв с собой царицу Марью Темрюковну, царевичей, многих бояр, дворян с семьями, вооруженную стражу, всю свою казну и дворцовую святыню, поехал в Александровскую слободу (Владимирской губернии).
Недоумение москвичей по поводу этого отъезда продолжалось до 3 января 1565 года, когда митрополит Афанасий получил грамоту от царя, в которой Иоанн, исчисляя вины бояр, начиная с его малолетства, обвиняя их в корыстолюбии, нерадении, измене, обвиняя духовенство в ходатайстве за изменников, объявлял, что, не желая терпеть измены, оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет.
В это же время была получена грамота, обращенная к православному христианству града Москвы, в которой государь писал, что на них он гнева не имеет. Странное сообщение поразило всех: духовенство, бояре и горожане в недоумении приступили к митрополиту с просьбами, чтобы он умолил царя, причем горожане указывали – просить царя, чтобы он государства не оставлял, а их на расхищение волков не давал, «наипаче от рук сильных избавлял».
И те и другие равно выразили мысль, что изменников государь волен казнить, как ему угодно. С этим полномочием поехала из Москвы депутация из разных чинов людей, во главе которой стоял Пимен, архиепископ новгородский. Царь склонился на просьбу и объявил, что снова принимает власть с тем, что будет казнить изменников; при этом он сказал, что из государства и двора выделяет себе часть, которую назвал опричниной.
Вслед за тем последовало определение тех волостей, городов и московских улиц, которые взяты в опричнину. Наконец, государь выбрал тысячу человек князей, дворян и детей боярских, которые все должны были иметь свои поместья в отведенных под опричнину волостях; все остальное государство названо было земщиной и отдано под управление земских бояр.
В 1574 году во главе земщины, с титулом великого князя всея Руси (а после – Тверского) поставлен был крещеный, под именем Симеона, касимовский царь Саип-Булат Бекбулатович. Земские бояре заведовали всеми текущими делами, но о разных вестях или великих земских делах докладывали государю. Многие, подозреваемые в измене, были казнены или сосланы в Казань.
Значение опричнины верно и метко оценено Соловьевым. По его представлению, Иоанн, заподозрив бояр, не мог прогнать их всех от себя и потому удалился от них сам, окружив себя новыми людьми, построив себе новый дворец, уйдя в Александровскую слободу. Такое удаление государя от земли имело гибельные следствия, делающие понятною общую ненависть к опричникам.
Новое обстоятельство еще усилило подозрительность Иоанна: литовский гонец привез к московским боярам грамоты от короля и гетмана. Грамоты были перехвачены, от имени бояр посланы бранчивые ответы; за эту переписку поплатился жизнью конюший Челяднин с несколькими друзьями. В послании из слободы Грозный осуждал обычай духовенства «печаловаться» за осужденных; но самое серьезное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп из рода Колычевых.
Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 году предложил ему кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился только под условием уничтожения опричнины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричнину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в душу Иоанна, а Филипп начал ходатайствовать за опальных и обличать царя.