Осенью 1882 года положение первых поселенцев, приехавших в Страну Израиля при поддержке «Ховевей Цион», было критическим с точки зрения финансового положения. Тогда раввин Шмуэль Могилевер отправился в Париж к барону Ротшильду за помощью для сельскохозяйственного поселения Самарин — именно гам обосновалась группа репатриантов, приехавших из Одессы. В то время барон Эдмонд, молодой элегантный человек 36 лет, пользовался уважением в аристократических кругах Парижа, где он зарекомендовал себя большим знатоком искусства. Казалось бы, ничто не способствовало тому, чтобы он занялся делами Эрец-Исраэль. Тем не менее, барон откликнулся на просьбу. С этого момента и до самой смерти он отдает свое время и деньги развитию сельского хозяйства Эрец-Исраэль.
Ротшильд при этом считал, что массовая и шумно рекламируемая репатриация может лишь спровоцировать турецкие власти на полное ее пресечение и обречь переселенцев на голодную смерть, от которой их не спасет никакая филантропия.
Сначала он помогал непосредственно первопоселенцам Самарина, но после смерти своего отца Джеймса Макова потребовал, чтобы это нееврейское название сменили на Зихрон-Яаков («Память о Яакове»),
Потом он помогал РишонлеЦиону и всему прибрежному району.
Позже его помощь стала существенно ощущаться и в Рош-Пине, и в Петах-Тикве.
Поездки в Эрец-Исраэль он предпринял в 1887 и 1893 годах, задолго до того как стал известен Теодор Герцль, с которым он, впрочем, не слишком ладил.
Эдмонд Ротшильд считал свою помощь филантропической, а не политической.
Из-за непреклонности, с которой Эдмонд Ротшильд стремился доказать всему миру, что евреи могут не хуже других существовать собственным производительным трудом, он оказался в конфликте едва ли не со всеми, кто прямо или косвенно был причастен к созданию поселений: с самими поселенцами, с сионистским движением, а также с большинством остальных членов своей уважаемой семьи.
Конфликт с поселенцами был во многом обусловлен изначальной твердой установкой «не позволить бездельникам и крикунам погубить начатое дело». С само го начала он согласился взять поселенцев под свое покровительство только при условии строгой дисциплины и беспрекословного исполнения распоряжений.
Из этой установки вырос и почти 20 лет сохранялся почти авторитарный режим чиновников, который осуществляли направляемые Ротшильдом в Эрец-Исраэль администраторы, эксперты и инструкторы.
Сионистский идеал любви к стране и эмоциональная связь с предками не очень трогали этих людей, выросших в ассимилированной среде. В своей работе они видели своего рода колониальную карьеру и весьма надменно обращались с поселенцами.
Протест против произвола некоторых представителей администрации вылился в конфликт с самим бароном Ротшильдом, когда он в ответ на все возрастающее число жалоб принял сторону чиновников.
Конфликт с сионистским движением был также обусловлен тем, что Ротшильд увидел в нем угрозу для своей миссии в Эрец-Исраэль. Немалую роль сыграла здесь и позиция семьи, которая с самого начала выступила против сионизма, называя его безответственной авантюрой.
Единственная встреча с Теодором Герцлем, на которую Ротшильд согласился крайне неохотно, состоявшаяся 18 июля 1896 года, не привела к взаимопониманию.
Когда Герцль решительно потребовал от барона финансирования массовой репатриации в Эрец-Исраэль и получения от турецкого султана разрешения на еврейское заселение Палестины, Ротшильд не счел нужным скрыть, что расценивает пламенные призывы Герцля как пустую риторику.
Теодор Герцль до самой смерти проводил в сионистском движении линию противостояния Ротшильду, утверждая, что его поселенческая деятельность бесполезна, а Ротшильд и после смерти Герцля отказывался от сотрудничества с сионистами.
Не менее острым было недовольство семьи, хотя оно обусловливалось иными мотивами — опасениями, что чрезмерная приверженность одного из них еврейским интересам поколеблет их статус среди европейской аристократии.
Эдмонд де Ротшильд не уступил давлению и с этой стороны. Впрочем, со временем все наладилось.
Конфликт с поселенцами разрешился в начале XX века, когда все управленческие функции, связанные с развитием старых и созданием новых поселений, были переданы Еврейскому колонизационному обществу. Барон Ротшильд осуществлял прямое руководство этой деятельностью в качестве президента специально созданного при этом обществе Палестинского совета.
Лишь незадолго до начала Первой мировой войны, когда сионисты непосредственно познакомились с деятельностью Ротшильда в Эрец-Исраэль, а барон Ротшильд — с деятельностью сионистов, обе стороны убедились, что они, в сущности, движутся в одном направлении. Тогда Ротшильд впервые вошел в контакт с сионистами, встретившись с их лидером Хаимом Вейцманом, и поддержал его план основания в Иерусалиме Еврейского университета.