Новгород и Псков разделили судьбу многих городских республик европейского Средневековья, потерявших независимость в начале Нового времени. По не вполне пока ясным причинам даже такие крупные и богатые города, как Флоренция, оказались хуже приспособленными к трансформации в раннемодерные государства, чем монархии того времени. Возможно, дело заключалось в характерной для них внутренней борьбе кланов и «партий», подрывавшей единство города и затруднявшей создание безличных государственных институтов. Но решающим оказался военный фактор: города, как правило, проигрывали вооруженную борьбу растущим монархиям, которые имели возможность мобилизовать для своих целей несравненно бóльшие материальные и людские ресурсы. В те же самые десятилетия, когда Господин Великий Новгород отчаянно боролся с Москвой за сохранение своей независимости, в Германии под натиском церковных и светских князей потеряли былые права и свободы такие города, как Майнц (1462), Кведлинбург (1477) и Эрфурт (1483). А в Италии, где синьории постепенно вытесняли городские коммуны, после 1530 года осталась, по сути, только одна республика — Венеция.
Таким образом, когда Иван III в Новгороде, а позднее Василий III — в Пскове приказывали снять вечевой колокол и вводили порядки, «как на Москве», они действовали в том же духе, что и их современники — немецкие или итальянские князья. Но в политике московских государей была и своя специфика: из покоренного города выселялась местная элита (бояре и посадники с семьями), купцы и ремесленники, а на их место переводились служилые люди и торговцы из центральных уездов страны. Эта жестокая мера, именовавшаяся «выводом», была впервые в массовом масштабе осуществлена в Новгородской земле в 1480‐х годах, а затем, уже в новом столетии, повторена в Пскове (1510), Смоленске (1514) и некоторых других городах.
«Выводы», сопровождавшиеся конфискацией земель и переселением сотен людей, были наиболее радикальным способом интеграции новоприсоединенных территорий в состав Русского государства. Московские власти прибегали к нему там, где встречали сопротивление, не находили опоры в местном населении или опасались заговоров. Но были и области, которые в обмен на лояльность пользовались в течение определенного времени значительной автономией. Таков, например, был статус Пскова при Иване III: в городе находился великокняжеский наместник, и внешняя политика уже с 1460‐х годов полностью контролировалась центральным правительством, но при этом суд и внутреннее управление вплоть до 1510 года осуществлялись по местным законам и обычаям, известным нам из Псковской судной грамоты.
Внутреннюю автономию сохраняла также Рязань, номинально по-прежнему считавшаяся «великим княжеством». Здесь княжил Василий Иванович, женатый на сестре Ивана III — Анне, а после смерти Василия (1483) рязанский престол перешел к его старшему сыну Ивану. По договору со своим дядей и полным тезкой — Иваном III Иван Васильевич Рязанский признал себя «братом молодшим», т. е. вассалом московского государя, и отказался от права внешних сношений.
По соседству с Рязанской землей, в Мещере, с середины XV века существовало вассальное по отношению к Москве Касимовское ханство. Там правили Чингисиды, потомки первого казанского хана Улуг-Мухаммеда.
После взятия московскими войсками в сентябре 1485 года Твери и бегства в Литву последнего «великого князя» этой земли Михаила Борисовича номинально «великое княжество Тверское» просуществовало еще несколько лет: оно было передано наследнику московского престола Ивану Ивановичу (подобно тому, как наследник английского престола издавна титуловался «принцем Уэльским»), и при нем был создан особый двор из тверских бояр. Иван Иванович Молодой, носивший, как и отец, титул великого князя, умер в 1490 году, а последние следы обособленности тверской знати теряются в начале XVI века.
Для полноты картины следует упомянуть еще владения северских князей Семена Ивановича Стародубского и Василия Ивановича Шемячича (потомков злейших врагов Василия II — князей Ивана Можайского и Дмитрия Шемяки), перешедших в 1500 году на службу к Ивану III из Великого княжества Литовского. Их княжества, обладавшие полуавтономным статусом, просуществовали до конца второго десятилетия XVI века.