Родовой чертой государств Нового времени исследователи считают постепенную деперсонализацию власти и формирование постоянных и безличных структур управления. Между тем Герберштейн, казалось бы, поведавший обо всех сторонах жизни Московии первой четверти XVI века, ни словом не упомянул о каких-либо бюрократических учреждениях. Конечно, можно попытаться объяснить этот факт тем, что все передвижения габсбургского дипломата по российской столице находились под строгим контролем и у него просто не было возможности заглянуть в ту или иную канцелярию. Но ведь и многое другое, о чем говорится в «Записках о московитских делах», автор не мог видеть сам: об этом ему рассказывали многочисленные собеседники. Следовательно, придворные Василия III, с которыми общался Герберштейн, по всей вероятности, не считали достойными упоминания какие-то избы, где корпели над бумагами дьяки и подьячие.
Однако уже к середине XVI века роль подобных учреждений в жизни страны возросла настолько, что далее их уже невозможно было не замечать. Немецкий авантюрист Генрих Штаден, служивший во второй половине 1560‐х годов в опричнине Ивана Грозного, подробно описал более десятка центральных органов управления, которые он называл привычным для себя словом «канцелярии» (
Штаден застал московскую приказную систему уже в относительно развитом виде, но ее истоки восходят к эпохе Ивана III. Прообразом государственных структур в Московии, подобно другим европейским странам, стали службы, управлявшие княжеским хозяйством.
С 60‐х годов XV века известна должность дворецкого, который ведал великокняжескими землями, а также проживавшими на этих землях группами служилых людей, обеспечивавших потребности великокняжеского двора. К ним относились бобровники, бортники, рыболовы, сокольники, конюхи и т. д. Постепенно функции дворецкого расширились, и, помимо хозяйственных забот, в его компетенцию стали входить суд по земельным делам, выдача жалованных грамот и иные административные дела. К началу XVI века Дворец (или, как его стали впоследствии называть, Большой дворец) представлял собой особое учреждение, со своим штатом дьяков и подьячих, и помещался в отдельном здании (в 1501 году впервые упоминается Дворцовая изба).
По мере роста государственной территории расширялось и дворцовое ведомство: в дополнение к Большому дворцу стали появляться областные. Первым из них возник Новгородский дворец, он располагался в покоренном Великом Новгороде. В 1504 году впервые упоминается тверской дворецкий. В 1530‐х годах областных дворцов стало пять. К Новгородскому и Тверскому добавились еще Рязанский (для управления поглощенным в 1521 году одноименным княжеством), Дмитровский (после ликвидации существовавшего там удела) и Угличский. В середине XVI века существовал еще и Нижегородский дворец — ему была подчинена Казанская земля после покорения ханства войсками Ивана IV (1552).
Все областные дворцы, за исключением Новгородского, находились в Москве. Это сделало возможным, например, подчинение рязанскому дворецкому не только Рязани, но и Вологды, а тверскому — не только Твери, но и Ростова, Волоколамска, Клина и ряда других территорий. Но самый обширный круг земель контролировал «большой» дворецкий, т. е. глава Большого дворца. В его юрисдикцию входили Белозерский, Владимирский, Каширский, Коломенский, Московский, Нижегородский, Переславский, Серпуховской, Суздальский, Тульский и Ярославский уезды.
Так дворцовое ведомство, по форме и названию сохраняя связь с вотчинным хозяйством, к середине XVI века, по сути, приобрело уже общегосударственные функции, став первой моделью управления разнородными территориями, вошедшими к тому времени в состав Московского царства.
С начала 1490‐х годов от Дворца обособилась государева Казна, соединявшая функции великокняжеской сокровищницы и канцелярии. Казначеи и казенные дьяки играли все возрастающую роль в управлении страной в конце XV — первой половине XVI века.
В недрах дворцово-вотчинного аппарата зародился ряд важных функций, которые лишь значительно позднее, во второй половине XVI века, были выделены в особые ведомства, получившие название «приказов». Это относится, в частности, к дипломатической службе (приему и отправке посольств) и организации регулярной воинской службы — росписи воевод по полкам. Соответствующая документация известна с 70‐х годов XV века, между тем как Посольская изба (впоследствии Посольский приказ) впервые упоминается только в 1562 году, а военное ведомство (Разрядная изба) — в 1566‐м.