Это письмо уже намечало репрессии по отношению к членам Комитета грамотности. В донесении охранного отделения в 1893 году говорится: «События последнего времени последовательно наталкивают на необходимость обратить серьезное внимание на Комитет грамотности и устранить из его состава всех лиц, пользующихся комитетом как орудием для достижения своих противуправительственных целей. Вот программа, которой надо следовать в нашей подготовительной работе: ...3) обыск у Рубакина, в распоряжении которого имеются, кроме легальной, и нелегальные библиотеки, надо поставить на очередь. В справку о нем необходимо внести все его сношения с самыми разнообразными лицами из разных мест империи. Он является, несомненно, весьма важным центром и, кроме распространения легальных изданий Комитета грамотности, видимо, занимается и делами не вполне легальными».
За докладом в Комитете грамотности, который произвел на общественность большое впечатление, последовали рассказы Рубакина на новые для того времени темы: «Бомба профессора Штурмвельта» — рассказ о бомбе, начиненной микробами, вроде как предвидение будущей бактериологической войны, и рассказ «Два колеса» — об изнурительной и бессмысленной работе в тюрьмах. Оба эти рассказа были напечатаны в газете «Новое время» в 1890 и 1891 годах. Эти рассказы обратили внимание крупных писателей на Рубакина. Реакционный журналист В.Буренин стал тянуть его на работу в «Новое время»8
, от чего Рубакин отказался. Л.Толстой, прочитав рассказы, написал Рубакину письмо с приветом и благословением. На одном вечере к нему подошел Н.К.Михайловский9, первый с ним поздоровался и сказал: «Рубакин, я вас не знаю, но я вас очень люблю».Началось его быстрое выдвижение в первые ряды писателей того времени, притом писателя оригинального, работавшего над еще не изученными тогда вопросами разработки литературы для народа на принципах, совершенно отличных от прежних.
В 1889 году в «Северном Вестнике» появилась статья Рубакина «К характеристике читателя и писателя из народа», которую приветствовал П.Б.Струве10
в «Русской школе» (1890 г.) и Г.В.Плеханов. Пришел к нему знакомиться писатель Глеб Успенский. А.М.Калмыкова предложила ему писать народные книжки для ее издательства.В 1891 году после того, как доклад Рубакина в Комитете грамотности был напечатан в «Северном Вестнике», к нему пришла знакомиться Надежда Константиновна Крупская, ставшая с тех пор читательницей его библиотеки. Л.К.Давыдова пригласила его заведовать редакцией «Мира божьего»11
, которой отец и заведовал, причем, по его же словам, очень плохо.Стали завязываться обширные знакомства Рубакина во всех писательских кругах, главным образом народнических. Так, он тогда же познакомился с С.Н.Кривенко12
, В.П.Воронцовым13, Ф.Ф.Павленковым14 и другими, с ними он близко сошелся и оставался их другом до самого их конца.В 1893 году через Кривенко Рубакина пригласила заведовать ее издательством О.Н.Попова, и с 1894 по 1897 год он им заведовал. Издательство под редакцией Рубакина выпустило целый ряд крупнейших произведений известных прогрессивных писателей и ученых Запада. Но в 1897 году разразился скандал: Попова передала издаваемый ее издательством журнал «Новое слово», бывший до того времени народническим, «легальным марксистам», даже не предупредив народников. В результате все народники ушли из ее издательства.
У Рубакина началась многолетняя работа в различных прогрессивных издательствах того времени. В 1897 — 1899 годах он вел особый отдел И.Д.Сытина, который был также под «особым» наблюдением полиции. В 1901 году он заведовал издательством Алексеева и входил в число компаньонов, руководивших этим издательством.
Рубакин, уйдя из «Нового слова», продолжал там печататься. Известный литературовед той эпохи В.А.Поссе писал даже, что «Н.А.Рубакин был самым талантливым из сотрудников «Нового слова». В этом журнале в своих рассказах Рубакин одним из первых вывел новые типы рабочих («Взыскующие града», «Лицом к лицу», «Искорки»). Это уже не безличные существа, забитые жизнью, каковыми они являлись в писаниях писателей-народников, а первые бойцы рабочего класса в борьбе с социальной несправедливостью. Один из героев этих рассказов, рабочий, требует, чтобы «общество России для своих граждан стало бы обществом, на точном основании справедливых законов управляемое». «Рабочие, — писал Рубакин, — в силу своего социального положения гораздо лучше, чем другие слои и классы, понимают необходимость в изменении существующих порядков» и «уже начинают идти впереди наших стремлений... их критическая и творческая мысль ушла вперед так далеко, как, быть может, и не снилось нам».
Писания Рубакина в этом журнале сразу бросились в глаза царской цензуре. Цензор Елагин о рассказе «Искорки» писал в Петербургский цензурный комитет: «Статья эта, ярко и талантливо написанная, не нуждается в комментариях для признания ее крайне тенденциозной и не нуждающейся даже в бесцензурном издании».