Более подробно и правдиво расписал события Франц Ниенштедт. Он достаточно подробно рассказал об осадных работах русских, массированном обстреле города, а также о бегстве дворян из осажденного Дерпта. Так же бывший рижский бургомистр рассказывает о слабости городского гарнизона, который был значительно обескровлен прошлогодним моровым поветрием. Но самым главным фактором, который предопределил сдачу города, по мнению Ниенштедта, стало то, что магистр отказал защитникам в помощи. Когда к фон Фюрстенбергу пришли два крестьянина и принесли послание от Дерптского епископа с просьбой о помощи, то магистр честно заявил: боится встречи с огромным русским войском. Зато пообещал усердно молиться за жителей осажденного города.
Можно понять то состояние, в котором оказались горожане, когда получили такой ответ. Командованию ливонской армии на них было просто наплевать, и никто этого не скрывал. А Шуйский тем временем все теснее сжимал кольцо осады, и русские пушки проломили городские стены во многих местах. Поэтому, когда царские воеводы предложили жителям Дерпта сдаться, обещая им милость государеву, грозя в противном случае перебить всех, даже малых детей, горожане отнеслись к этому со всей серьезностью.
Епископ выпросил у Шуйского два дня перемирия для обсуждения условий сдачи, и воевода дал добро.
Н. М. Карамзин приводит текст документа, согласно которому Дерпт распахнул ворота: «
Как видим, никаких ущемлений прав местного населения нет и в помине, это просвещенным европейцам вольно вопить о патологической жестокости царя.
После того, как все условия были согласованы, русские войска вступили в Дерпт. Накануне его покинули епископ, который отбыл в свой монастырь, а также солдаты гарнизона и те из жителей, которые не хотели жить под властью царя Ивана. Впрочем, епископ вскоре был вызван в Москву, где и скончался со временем.
Фон Фюрстенберг воспользовался ситуацией и, желая как-то оправдать свою трусость и бездействие во время осады, свалил все на епископа, объявив Германа предателем. Дескать, по его вине и пал Дерпт. Магистр повел себя очень подло, но ничего другого сделать не мог. Нужно было кого-то утопить, чтобы выплыть самому. Это было легче сделать, чем подставить свою голову под русские сабли. У труса свое оружие и свои победы. Как говорится, неважно быть, сумей прослыть.
Что же касается тех горожан, которые покинули город и двинулись в глубь Ливонии, то они были цинично ограблены магистром и его людьми.
Это было резким контрастом с поведением пребывающих в Дерпте русских. Ратникам, находившимся в городе, было под страхом смерти запрещено чинить насилие в отношении местных жителей, а немцам воевода запретил продавать горячительные напитки. От греха подальше.