Вместе с тем значительную роль в обеспечении безопасности государства и государя продолжала играть Тайная канцелярия во главе с Иваном Ромодановским. Ее функционал постепенно расширялся — помимо политического сыска, осуществлялся также государственный контроль над особо важными делами (в дополнение к ревизорам), включая контроль за налоговыми поступлениями — самыми жесткими мерами решались вопросы расхищения государственных доходов. Зарождалось некое подобие внешней разведки — через Тайную канцелярию осуществлялся наем и работа с иностранными информаторами, т. е. шпионами, которые служили ценным источником информации для русского государя. После смерти Ромодановского на его пост был назначен Петр Голиков — брат сподвижника императора, человек грубый и жестокий, но в то же время прагматичный и серьезный, что для его дела было незаменимым качеством. Он также добивался расширения финансирования и штата своей конторы, чтобы охватить не только политические дела, но и уголовные, в результате чего Тайная канцелярия превратилась еще и в прообраз русской полиции. Но основным занятием канцелярии, конечно же, оставался именно политический сыск — обнаружение заговорщиков, дознание, расследование политических дел и т. д. На жаловании в канцелярии состояло достаточно большое количество информаторов, вплоть до прислуги в некоторых знатных семьях, которые считались неблагонадежными. За малейшие высказывания против государя или государыни следовали разбирательства, и окончиться они могли весьма плачевно — пыточными залами или чем еще хуже. Некоторые особо активные оппозиционеры при Петре II попросту исчезали, и их так и не находили — что сразу же сваливали на действия канцелярии, хотя никаких доказательств тому не было. По слухам, Петр Голиков даже занимался убийствами видных политических деятелей в угоду императору, хотя опять же, доказательств этому практически не было. В результате этого Тайная канцелярия стала мрачной стороной правления Петра II, обеспечивая его защиту от интриг придворных и знати, и по самым скромным оценкам за все время правления императора через нее прошли около 8 тысяч человек, а по самым нескромным — в 5-10 раз больше [1].
Всего инструментов раскачки ситуации в стране определили три из тех, которые нанесли бы максимальный урон авторитету царя, но при этом не погубили само государство — дворяне все же понимали, что перебарщивать с внутренними конфликтами в стране не стоит. Первым способом было провоцирование волнений в Петрограде через урезание поставок продовольствия — столица сильно зависела от них, значительную часть продуктов пришлось везти издалека. Второй способ — повышение налогов «на местах», мотивируя это царскими указами. Третий, и самый простой — роспуск слухов относительно Петра вроде «царь продался немцам», «при дворе засилье иностранцев», «царь у нас дурак» и даже «царя-то подменили!», чтобы как-то понизить его авторитет среди окружения. Примерно с этого времени начинает заодно распространяться слух, что царь делит постель со своей сестрой, Елизаветой Петровной, и втайне принял протестантизм, собираясь разрушить православную веру. Однако слухи большого успеха не достигли — царь, с его образом жизни, регулярным посещением церкви и показной сдержанностью, просто не мог соответствовать тем слухам, которые о нем распространяли, хотя касательно его отношений с Елизаветой судачили до самой его смерти.