В 1905–1907 гг. он командовал линейным кораблем «Слава». В 1907–1908 гг. исполнял обязанности помощника начальника Главного морского штаба. В 1908–1913 гг. командовал отрядом учебных кораблей Морского корпуса, исполнял должности начальника Николаевской морской академии и директора Морского корпуса. В 1913–1914 годы он — начальник Главного морского штаба, а в 1914–1917 гг. — начальник Морского генерального штаба и одновременно помощник морского министра. А. И. Русин являлся ближайшим сотрудником адмирала И. К. Григоровича, руководил разработкой операций ВМФ России. Кроме того, во время войны (1916–1917 гг.) занимал пост начальника Морского штаба верховного главнокомандующего.
Звание адмирала было присвоено А. И. Русину 10 апреля 1916 года. Он явился последним «полным адмиралом» Российского императорского флота, получившим это звание от императора Николая II.
А. И. Русин сыграл важную роль в подготовке к Первой мировой войне. С его участием было обеспечено эффективное применение Балтийского флота с целью воспрепятствования с самого начала войны действиям противника против Петрограда и проникновению немецкого флота в глубь Финского залива. Адмирал лично руководил минированием наиболее важных участков акватории.
Будучи убежденным монархистом, Февральскую революцию 1917 года Русин не принял, чего не скрывал, и с 1 июня 1917 года вышел в отставку. После октября 1917 года эмигрировал во Францию. Был председателем Всезарубежного объединения морских организаций и русской компании в Париже, почетным председателем Общества взаимопомощи бывших чинов императорской армии и флота. События в России после революций, в частности Гражданскую войну, гонения на церковь, интеллигенцию и крестьянство воспринял как личную трагедию. Объективно оценивал опасность военного усиления Германии, полагая, что только СССР может стать серьезным противовесом фашистской угрозе.
В 1939 году Русин переехал в Марокко, где обосновался в городе Касабланке. Последний период своей жизни он посвятил активному участию в деятельности русской православной общины города. В 1941 году овдовел. Жил весьма скромно. Пользовался авторитетом у представителей русской эмиграции первой и второй волны, французской администрации, марокканских властей. Много сделал для организации в г. Касабланке прихода Русской православной церкви, религиозного и патриотического воспитания подрастающего поколения, был старостой местной православной общины.