Завершить разработку проекта первого русского похода Георгий Яковлевич на этот раз не успел. Война с японцами свалилась как снег на голову, пришлось оставить дела на Ледовитом океане и по мобилизации отправиться на Сибирскую флотилию – служить ревизором на номерных миноносках, защищать от вторжения врага Амурский лиман. Сначала ему досталась миноноска № 17. Потом – № 48. Крохотные кораблики несли сторожевую вахту в устье Амура, но неприятель здесь так и не появился, и принять участие в боевых действиях Седову не довелось. После войны он на два года задержался на Дальнем Востоке – помощником лоцмейстера в Николаевске-на-Амуре, выслужил орден св. Станислава, напечатал в «Уссурийской жизни» две свои статьи – «Северный океанский путь» и «Значение Северного океанского пути для России», где прогнозировал дальнейшие исследования Северного морского пути. А в 1907 году опубликовал работу совершенно крамольного по тем временам содержания – «Право женщины на море». В статье утверждалось, промежду прочим, что недалек тот час, когда в мореходные классы будут принимать и дам:
«Под словами: Право женщин на море я хотел сохранить мысль: 1) поощрение женщин в морском специальном образовании наравне с мужчинами, 2) допущение свободного пребывания их на торговых кораблях и 3) признание за ними права на командование ими морскими торговыми судами. Этот разбираемый мною вопрос на первый взгляд покажется читателю, вероятно, весьма сложным, совершенно новым и даже, может быть, фантастическим, но не в этом дело. Чем глубже мы будем в него вдумываться и чем чаще им будем заниматься, тем он все больше и больше будет казаться нам проще и роднее, и мы к нему скоро привыкнем в общем порядке привычек ко всему новому и странному».
Флотская общественность приняла брошюру неоднозначно. Андрей Ипполитович Вилькицкий, тогдашний глава всей российской гидрографии, даже как-то поинтересовался:
– А что, Георгий Яковлевич, вы бы и в море пошли на корабле, капитаном на котором будет женщина?
– Назначат, так и пойду. А вот на корабле, на котором будете командовать вы с вашими устаревшими умонастроениями – пожалуй, что и отказался бы, – с улыбкой ответил Седов, – не люблю, видите ли, суеверия в капитанах…
Только в 1908 году Седов смог возвратиться в Петербург – в распоряжение Главного гидрографического управления. А из столицы поехал на Каспий – к давнему своему наставнику и командиру Федору Кирилловичу Дриженко, вновь став его помощником в очередном гидрографическом походе. За эту экспедицию, полностью обновившую лоции Каспийского моря, Седова наградили орденом св. Анны. Далее последовала экспедиция на Чукотку с исследовательской группой И. П. Толмачева, в ходе которой Седов руководил партией, исследовавшей устье реки Колымы и морских подходов к ней. Под руководством Седова составлены карты устья и маршрутная опись русла реки, что позволило в 1911 году на пароходе «Колыма» провести первый успешный коммерческий рейс из Владивостока на Колыму. После этого похода лейтенанта избрали действительным членом Русского географического общества.
К идее русского похода на Северный полюс Георгий Яковлевич вернулся в 1910 году, когда на пароходе «Великая княгиня Ольга Константиновна» возглавил гидрографическую экспедицию к Новой Земле. Целью похода было составление точных карт Крестовой губы для коммерческих пароходов. Но до поры все планы оставались на бумаге. Тем более что Седов снова попал в опалу – на сей раз у генерал-губернатора Архангельской области А. Ф. Шидловского. Сказались и неуживчивый характер моряка, и сословные предрассудки генерал-губернатора, отзывавшегося о Седове не иначе как
Промеж двух гидрографических походов Седов ухитрился жениться. Дело было так: во время недолгого пребывания в Санкт-Петербурге с отчетом о Колымском походе днем Георгий Яковлевич систематизировал результаты экспедиции в Адмиралтейской библиотеке, а вечером с друзьями предавался обычному офицерскому развлечению – посещал театр. Ходить на балет было модно в среде флотской молодежи, как и приударять за танцовщицами. Друзья Седова давно обзавелись подругами в театральной среде, тщательно скрывая свои связи от начальства. Но коль скоро уж сам великий князь погуливал с балериной…