На местах действовали управления портами — исполнительные органы Центрального управления, не пользовавшиеся никакой самостоятельностью. Единой структуры управления они не имели. Они включали управление главного командира порта и имели комиссариатскую, кораблестроительную, артиллерийскую, гидрографическую, строительную, кригс-комиссарскую, военно-судную, медицинскую части и казначейство[1802].
Крымская война выявила многочисленные недостатки в системе центрального управления, которое не соответствовало новым задачам, связанным с необходимостью создать паровой флот. Порочность системы сказывалась и в губительной централизации, почти исключавшей какую-либо инициативу портовых управлений, и в несоответствии штатов, отводимых на органы управления и непосредственно для самого флота.
Необходимость изменения существующей системы ощущалась вполне реально. Для проведения реорганизации Морского ведомства на пост начальника Морского штаба вместо Меншикова в 1856 г. был назначен вел. кн. Константин, которому в помощники в качестве управляющего Военно-морским ведомством определен вице-адмирал И. Ф. Метлин, а затем вице-адмирал Н. К. Краббе. Работа по изучению состояния дела и определению путей реорганизации продолжалась в течение ряда лет[1803]. В процессе изучения проводилась и постепенная перестройка системы управления.
Одновременно был сокращен управленческий аппарат с 1 134 до 508 чел.[1804]
В записке Морского ведомства давалось обоснование проведенных мер и указывалось на необходимость дальнейшей работы по децентрализации всей системы, предоставлению более широких прав местным органам и упрощению бюрократической переписки. Предполагалось также передать в ведение других органов Управление лесов, Управление Охтенским поселением. Все эти новые мысли получили отражение в проекте «Общего образования управления Морским ведомством и портового управления».
Представленное на утверждение Государственного Совета «Положение по управлению морским министерством» было утверждено сроком на 5 лет с тем, чтобы в 1865 г. по внесении необходимых поправок оно было окончательно рассмотрено и одобрено Государственным Советом. В 1867 г. оно вошло в силу и действовало до 1885 г.[1805]
Хотя новое Положение и было утверждено, однако вскоре выявилось много неувязок и явных несообразностей в структуре. Канцелярия в качестве распорядительного органа не справлялась с финансовыми проблемами, Инспекторский департамент, оставленный временно, вскоре пришлось преобразовать в Главный морской штаб. Вскоре выявились также неполадки и во взаимоотношениях между министерством и портовыми управлениями.
Для окончательной отработки Положения в 1871 г. была образована специальная комиссия под председательством управляющего министерством вице-адмирала С. С. Лесовского. Комиссия представила свои соображения, по которым требовались новые крупные ассигнования на содержание аппарата управления (до 600 тыс. руб. в год). Дело было отложено в связи с начавшейся войной с Турцией. Однако жизнь настоятельно требовала решения вопроса о совершенствовании системы центрального управления. Эту задачу возложили на комиссию члена совета государственного контроля вице-адмирала Жандра. Комиссия работала с 1882 по 1885 г. и представила свои соображения, а также проекты «Положения об управлении Морским ведомством» и «Наказа по управлению Морским ведомством»[1806]. Представляя в Государственный совет проект Положения, управляющий морским ведомством генерал-адъютант И. А. Шестаков указывал в своем докладе «на весьма серьезные недостатки и неудобства установленной им организации управления морским ведомством». Главными из них было то, что «коренные начала реформ 1860 г. не только не получили надлежащего применения и развития, но во многих случаях, под видом этого развития, являются совершенно разрушенными». Это проявилось прежде всего в децентрализации хозяйственных функций и передаче их портовым управлениям. Было нарушено также управление флотом в строевом отношении, так как круг деятельности Инспекторского департамента был сведен лишь к изучению личного состава; портовые управления не получили должной самостоятельности и, таким образом, правильная в своей основе идея усовершенствования управления была искажена[1807]. Адмирал Шестаков считал, что люди, взявшиеся за реформу и прежде всего вел. кн. Константин, не понимали вставших перед Морским ведомством задач и вместо того, чтобы энергично взяться за создание винтового флота, заботились главным образом об экономии средств, в результате чего вся его деятельность «привела к совершенному расстройству наших морских сил»[1808].
Вот почему Шестаков предлагал возвратиться к тем формам централизованного управления, которые обеспечивают руководство флотом как боевой единицей, устанавливают управление технической части сообразно значению различных специальных отраслей морского дела и строго отделяют функции управления личным составом флота от управления хозяйственной его частью.