Министр юстиции Временного правительства и верховный прокурор Павел Николаевич Малянтович распорядился «Ульянова-Ленина Владимира Ильича арестовать в качестве обвиняемого по делу о вооруженном выступлении третьего и пятого июля в Петрограде».
Ленин и близкий к нему Григорий Евсеевич Зиновьев, член ЦК и один из редакторов «Правды», скрылись из города, боясь суда и тюрьмы. «Ленина нет, — вспоминал потом Николай Иванович Муралов, который стал первым командующим Московским военным округом, — а из остальных один Троцкий не растерялся».
Троцкий не убежал из Петрограда. Он написал открытое письмо Временному правительству: если Ленина осмеливаются называть немецким шпионом, тогда и он просит считать его шпионом. Троцкий сам требовал ареста и гласного суда.
23 июля Троцкого арестовали. Он дал показания в письменной форме. Он утверждал, что ни он сам, ни ЦК большевиков не призывали солдат к вооруженному восстанию и выступление 1-го пулеметного полка было для всех неожиданностью. Разумеется, он наотрез отвергал возможность сговора большевиков с германским правительством.
Исполнявший в тот момент обязанности министра юстиции во Временном правительстве А. Демьянов вспоминал:
«Троцкий был привлечен к уголовной ответственности по делу о большевиках. Но событие, в котором он принимал участие, стояло во всем деле совершенно особняком. Его обвиняли, и это было исключительно одно обвинение, в том, что, будучи на каком-то собрании рабочих в Народном Доме, он произнес зажигательную речь, призывая к убийству Керенского.
Сообщение об этом сделали двое офицеров, якобы слышавших эту речь. Троцкого арестовали. Он полностью отрицал возводимое на него обвинение. Был допрошен ряд свидетелей, посторонних Троцкому, участвовавших в собрании, которые мало того что отрицали приписываемые Троцкому слова, но показали, что Троцкий старался наоборот успокоить расходившуюся тогда толпу. Никаких призывов он тогда вообще не делал.
Сообщал мне о ходе предварительного следствия прокурор палаты Карчевский, сказав, что Троцкого в тюрьме по такому обвинению держать абсолютно нельзя. Я отлично понимал, что судебная следственная власть не решится, хотя имеет право, совершенно самостоятельно решать такой вопрос, выпустить на волю такую птицу, как Троцкий, без благословения свыше. Это благословение я ей и дал.
Однако я понимал, что освобождение Троцкого из-под ареста вредно. Поэтому я попросил предварительно освобождения Троцкого доставить мне весь следственный материал, его касающийся, и ознакомился с ним подробно.
Освобожденного Троцкого встретили в Совете рабочих и солдатских депутатов с триумфом. А в тот же день управляющий делами Совета Министров Гальперн предупредил меня, что в вечернем заседании Совета Министров у меня попросят объяснения по делу Троцкого. Я этого ожидал, и предупреждение Гальперна не застало меня врасплох.
В Совете во время заседания я получил записку сначала от Гальперна, который вновь предупреждал меня о готовящемся запросе, а затем получил записку и со стороны Терещенко, председательствовавшего тогда в Совете. Объяснение мне предстояло дать в конце заседания, когда вопросы по повестке будут исчерпаны.
Я дал свое объяснение в твердом тоне. Я рассказал, в чем заключается обвинительный материал по делу Троцкого, объяснил, что определение об освобождении Троцкого из-под ареста дано судебно-следственною властью, что авторитет ее должен быть во всяком случае поддержан, что по существу она в данном деле совершенно права, сказал далее, что Министерство Юстиции должно всегда стоять на страже закона и не допускать, чтобы его могли не только обвинять, но даже подозревать в том, что по его распоряжению могут содержать людей в тюрьме по одним лишь политическим соображениям, что во всяком случае я, пока буду во главе Министерства, этого никогда не допущу.
Объяснения мои были приняты благосклонно. Многие говорили мне, что они вполне разделяют мою точку зрения и что запрос не имел другой цели, как ознакомление с делом. Один только Министр Внутренних дел Никитин (московский присяжный поверенный, по партии социал-демократ) мимоходом заметил, что о выпуске на волю Троцкого нужно было предупредить Министерство Внутренних дел, что таково было соглашение с Министерством Юстиции, когда дело касалось заметного лица.
Никитин был в известном смысле прав; но я лично не знал, что существовало такое соглашение. Я виноват только, что не догадался, по собственному почину, предупредить Никитина. Но никто не мешал Никитину, как Министру Внутренних дел, сделать, если он находил это нужным, распоряжение о новом аресте Троцкого в административном порядке. На его месте я бы это сделал и не побоялся бы сделать это».