В основу организации Высших военно-научных курсов была положена, как это указал Великий князь Николай Николаевич, организация Императорской Николаевской военной академии. Все прохождение курса было рассчитано на четыре с половиной – пять лет и разделено на три класса: младший, старший и дополнительный. В младшем классе теория боевых действий изучается в рамках дивизии. Одновременно проходятся тактика родов оружия и другие военные дисциплины, знание которых необходимо для понимания и разрешения многих вопросов, возникающих при подробном исследовании боевых действий дивизии. В старшем классе изучается использование дивизий в корпусах и в армии. Наконец, в дополнительном классе проходятся дисциплины высшего порядка, в государственном масштабе, иначе говоря, стратегия и связанные с ней вопросы.
Во время работы генерала Головина над книгой об устройстве Российской вооруженной силы постепенно выяснились все те научные сведения, точнее, те военно-научные дисциплины, знание которых является необходимым каждому офицеру Генерального штаба для решения всевозможных вопросов при быстро меняющейся военной обстановке. Насколько широка область разных сведений, которые полезно знать каждому офицеру Генерального штаба, в особенности занимающему высокий пост, показывает приводимый ниже список военнонаучных дисциплин и руководителей, на которых разновременно было возложено их преподавание:
1) Стратегия – профессор генерал Головин
2) Тактика пехоты – профессор полковник Зайцов
3) Тактика кавалерии – генерал Доманевский160
, генерал Шатилов, генерал Черячукин1614) Тактика артиллерии – генерал Виноградский162
, полковник Андреев5) Тактика воздушных войск – генерал Баранов
6) Боевая химия – полковник Иванов163
7) Полевое военно-инженерное дело и тактика технических войск – генерал Ставицкий164
, капитан Петров1658) Общая тактика – профессор полковник Зайцов
9) Высшая тактика – профессор полковник Зайцов
10) Обзор классических учений по тактике – генерал Алексеев166
, профессор полковник Зайцов11) Служба снабжения и тыла – генерал Алексеев
12) Служба Генерального штаба – профессор генерал Головин, профессор генерал Рябиков167
13) Служба автомобильных войск – генерал Секретев168
14) Служба радиотелеграфа – полковник Трикоза169
15) Военно-инженерная оборона государства – генерал Ставицкий
16) Русская военная история – полковник Пятницкий170
17) Современное состояние военно-морского искусства – профессор адмирал Бубнов171
18) Общая история мировой войны 1914–1918 годов – профессор генерал Головин, генерал Доманевский, профессор полковник Зайцов
19) История новейшего военного искусства – профессор полковник Зайцов
20) Военная психология – генерал Краснов172
21) Военная география – полковник Архангельский
22) Устройство вооруженных сил главнейших европейских государств – заслуженный профессор генерал Гулевич173
23) Война и международное право – профессор барон Нольде
24) Война и экономическая жизнь страны – профессор Бернацкий
25) Мобилизация промышленности во время Великой войны и подготовка к будущей мобилизации – И.И. Бобарыков174
.В основу изучения всех этих дисциплин была положена идея, что знание для военного имеет ценность только тогда, когда он умеет его применять. Поэтому курсы не только стараются расширить умственный кругозор и уточнить знания слушателя, но и научить его применять эти знания, когда создается соответствующая обстановка. Такое умение достигается применением прикладного способа, когда слушатели всесторонне изучают предложенные им руководителем вопросы, предлагают те или другие оригинальные решения, а затем выслушивают критику руководителя и своих коллег. Так, постепенно привыкают всесторонне охватывать вопрос и быстро находить то или другое решение. Завершением обучения таким методом является военная игра, в которой участвующие решением каждого хода игры показывают степень своей подготовки.
Генерал Головин полагал, что обучение слушателя во всех трех классах потребует до 800 учебных часов. Половину этих часов, то есть 400, займет выслушивание обязательных лекций. Остальные предназначены были на беседы, семинары, решения тактических задач и, наконец, на военную игру. Обязательные открытые лекции, на которые наравне со слушателями курсов допускался каждый член Обще-Воинского Союза, происходили по вторникам от 21 до 23 часов. Практические занятия, на которые допускались только слушатели курсов, происходили в эти же часы по четвергам. При таком расчете использование намеченных учебных часов должно было занять 50–52 месяца.