Вспомнив опыт коммерческой деятельности Российско-американской компании, Филиппеус купил в 1870 г. пароход «Камчатка» грузоподъемностью в тысячу тонн и начал заниматься снабжением Охотского побережья. Вначале товар из Америки, Германии, Китая и Японии привозили во Владивосток, а уже оттуда судно коммерсанта, взяв на борт пассажиров и груз, развозило их по мелким бухтам и портам. Зимой, когда прекращалось плавание в северных морях, пароход Филиппеуса держал линию между Владивостоком и портами Японии. Уже в те времена бывшего библиотекаря называли «основателем русского торгового мореходства в наших водах на северо-востоке Азии». В 1885 г. предприниматель изложил свой опыт в небольшой брошюре «Записка надворного советника А. Ф. Филиппеуса о Камчатке и портах Охотского моря».
После Филиппеуса в Нагасаки несколько лет не было российского консула, и по просьбе русских властей в 1872–1874 гг. делами России, в том числе помощью русским морякам, занимался консул Германии. Российский флаг снова появился в Нагасаки в 1874 г. Первым штатным консулом стал молодой талантливый дипломат Александр Эпиктетович Оларовский. Под консульство он присмотрел дом № 5 на Минамиямате, недалеко от того места, где когда-то жил Филиппеус, в восточной части города, на горе, которая террасами спускалась к набережной.
Василий Яковлевич Костылев, назначенный на должность российского консула в Нагасаки 33-летним в 1881 г., пробыл здесь недолго, его сменил П. Румин. После него короткое время обязанности российского консула исполняли Григорий Александрович Де-Воллан (1890–1892) и Михаил Михайлович Устинов, переведенный в 1897 г. в Нагасаки из Хакодате. Одной из важных составляющих деятельности как российского, так и других иностранных консульств, была защита интересов иностранцев, проживающих в Нагасаки. Особенно это касалось экстерриториальности, сохранения иммунитета от японских законов. Возможно, иностранцам и на руку была такая привилегия, но она вовсе не означала, что они были вольны совершать преступления. Консульства крупных стран служили судами в случае уголовных и гражданских правонарушений, а консул выступал как судья. Каждое консульство в Нагасаки нанимало полицейского, чьей задачей было поддерживать порядок, арестовывать лиц, подозреваемых в преступлениях, и препровождать их в тюрьму, которая имелась в каждом консульстве.
Моряки хорошо знают, какой бедой грозит судну любой пожар, поэтому регулярные корабельные учения отрабатывают действия каждого по борьбе с огнем, доводя их до автоматизма. Выучка и отвага русских моряков не раз помогали при тушении пожаров в Японии. В этой стране, где большинство построек сооружалось из дерева, а техника тушения огня была очень примитивной, пожары превращали в пепелища не только маленькие селения, но и большие города. Еще в 1858 г. моряки с «Аскольда» продемонстрировали японцам слаженные и умелые действия при тушении пожара в Десиме. И вот 25 января 1874 г. экипаж корвета «Богатырь» под командованием капитана 2-го ранга Д. П. Шафрова еще раз доказал, что в борьбе с огнем русским морякам нет равных.
Казалось, что огонь нельзя остановить. Домишки лепились друг к другу, и пламя мгновенно охватывало все новые и новые строения. Огонь перелетал даже через узкие улицы. Легкие жилища нагасакцев пожирались пламенем одно за другим. Люди уже перестали бороться с пожаром и просто бежали, чтобы спасти жизнь. Естественной преградой для огня был канал с переброшенным через него мостом. Командир «Богатыря» сразу понял это и расставил матросов на подступах к мосту. Казалось, люди вот-вот дрогнут перед натиском огня, но моряки отважно стояли на месте, понимая, что если они отступят, то город перестанет существовать. И люди выдержали… Губернатор Нагасаки в знак благодарности прислал на борт «Богатыря» бочонок саке и 500 яиц. Командир Шафров, правда, отказался принять дар и попросил от имени экипажа передать его тем горожанам, которые больше всего пострадали от пожара.