Сразу встал вопрос, где отлить колокола. Конечно, имелись отличные японские мастера, но архиепископ решил вновь обратиться к Николаю Дмитриевичу Финляндскому, который отливал колокола для токийского собора. Оплату колоколов, 1700 рублей, произвел некий благотворитель. Большую помощь в покупке и доставке колоколов оказали В. Г. Дудышкин и редактор «Московских ведомостей» В. А. Грингмут. Одновременно владыка заказал через священника Николая Васильевича Благорозумова и Дудышкина в лучшей московской мастерской, у Якова Ефимовича Епанешникова, иконостас. Работы этого иконописца были известны всей России, а мастерская его снабжена самыми современными художественными и техническими средствами. Но больше всего привлекло отца Николая то, что «ввиду важности Киотского храма для православного дела и ввиду огромной пользы ознакомления Японии с русской церковнохудожественной промышленностью, [Епанешников] решился принести это образцовое произведение своих мастерских в безвозмездный дар». Иконы были написаны в классическом византийском стиле, а иконостас отделан золотом под слоновую кость. Владыка очень хотел сделать церковь в Киото образцовой в Японии.
Купола решили покрыть медью, чтобы дольше служила, хотя Николай предполагал, что храм будет «недолговечным зданием». Вызывало у него и опасения и то, как строители закрепляли отлитые в Токио же кресты. Строительство велось быстрыми темпами, и 23 ноября / б декабря 1901 г. началось временное богослужение. Через год в Киото открылась Православная женская школа, заведовать которой стала Надежда П. Такахаси. В ней наряду с богословием углубленно изучали и русский язык. Школа стала и центром изучения православного пения.
В июне 1902 г. в этой церкви провели первое крещение шести японцев, а в начале марта 1903 г. в Киото через Кобе российский корабль доставил колокола и иконостас. Руководить подъемом колоколов и установкой иконостаса приехал владыка Николай. К сожалению, некоторые иконы в пути были немного повреждены, для их реставрации Николай отправил из Токио иконописицу Ирину Петровну Ямасита. Эта художница сняла копии с некоторых икон для других православных приходов Японии.
Торжественное освящение нового храма состоялось 27 апреля / 10 мая 1903 г. Японцы, проживающие по соседству с новым храмом, с большим вниманием отнеслись к этому событию и освободили в своих домах комнаты для приезжих гостей. Вот какую запись по этому поводу осталось в дневнике святого Николая: «Первый звук православного колокола торжественно прокатился по чистому и светлому утреннему воздуху Киото и достиг уха Японского императора, который в эту минуту, окруженный двумястами восьмьюдесятью высшими лицами империи, трогался из своего дворца, неподалеку от которого находится миссийское место, на станцию железной дороги, чтобы отъехать в Токио. Он обратил внимание, прислушался и молчаливым вниманием узаконил православный звон в его древней столице, японской Москве».
Храм был переполнен. Рассчитанный на пятьсот человек, он в этот день вместил далеко за шестьсот. Кроме православных на освящение собралось много представителей других религий. Приглашены были и городские власти, начиная с губернатора Киото. Те японцы, кому не досталось места в храме, теснились у церкви, прислушиваясь к пению, доносившемуся из открытых дверей и окон. По подсчетам владыки Николая, всего на освящение собралось свыше тысячи человек.
Вскоре после этого события в Японию приехала 38-летняя журналистка Прасковья Наумовна Ариан, известная своей пропагандой эмансипации женщин и изданием «Первого женского календаря». Объехав большую часть Японии, она остановилась в Киото, где местный священник попросил ее прочитать лекцию о русской женщине и о женском движении в России. Лекция прошла прямо в церкви, а отец Мии выступил в роли переводчика. Слушатели, в основном ученицы женской школы, остались очень довольны, чего нельзя сказать о владыке Николае: «Ну можно ли допускать такую профанацию церкви? Она исключительно для богослужений и христианской проповеди».
Русские в Токио
К концу XIX века отношения Японии и России оставались внешне нормальными. Более пессимистично к ним относились на кораблях Российского военно-морского флота, где замечали: ситуация меняется как положение маятника. Память о действиях Давыдова и Хвостова, о неоднократных, почти навязчивых попытках России завязать официальные отношения настраивала японцев против русских. В то же время моряки ежегодно оставляли в Японии немало денег. О Хакодате, в частности, говорили, что город «стал поправляться на русских деньгах». Отец Николай провел огромную работу по просвещению японцев, и свидетельством его успехов стал собор в центре Токио. В ходе контактов японцы многому научились у своих соседей, что также оставляло положительные эмоции.