Время от времени море выбрасывало на японский берег тела русских моряков, погибших в мае 1905 г. Находя их, японцы бережно предавали земле. Так в разных местах стали появляться русские могилы. Только по официальным сведениям, таких стихийных захоронений было около ста. И это помимо кладбищ около Мацуямы и в других местах, где имелись лагеря русских военнопленных. Японское правительство обратилось к послу Н. А. Малевскому с предложением перенести прах моряков в одно место. Тот в свою очередь задал вопрос владыке Николаю, «нет ли со стороны Церкви препятствий к сему делу — разрытию могил и перенесений костей?» На это архиепископ ответил, что «препятствий к собранию костей моряков в одно место нет, что если могилы останутся на теперешних местах, то они скоро будут заброшены и забыты».
Военный агент полковник В. К. Самойлов объехал все военные русские захоронения в Японии и составил план переноса праха. Военные власти Японии везде принимали его с большой честью. Совместно с послом и японскими военными властями Владимир Константинович решил перенести останки русских воинов на три кладбища: в Нагасаки, Мацуяму и Хамадеру, около Осаки. Немаловажным обстоятельством было то, что везде имелись православные приходы. Основное погребение предполагалось сделать в Нагасаки, в общей могиле, каменном склепе. В Мацуяме к имевшимся захоронениям добавили четыре могилы, а в Хамадере — семь. На кладбище в Нагасаки по распоряжению морского министра было решено еще и установить памятник «морякам-героям».
Морской и военный министры Японии предложили провести перезахоронения за японский счет, но Николай II, поблагодарив, принял решение произвести все работы за счет России. Тем не менее японские власти не отказались от участия в перезахоронении и взяли на себя организацию всей процедуры, осуществив ее с соответствующими почестями. «До слез трогательно», — отметил полковник В. К. Самойлов. Основное перезахоронение произвели на Русском кладбище в Нагасаки, оставив на прежнем месте только плиты с именами. Так в братской могиле оказались останки 160 человек, скончавшихся в 1905 г. По разным причинам имена 79 воинов оказались неизвестными.
Многие жители Нагасаки приняли участие в торжественном освящении братской могилы и открытии памятника на Русском кладбище в Инасе. Они даже обратились к консулу Н. А. Распопову с предложением совершить буддийское богослужение. Вопреки прогнозу, дни 14–17 сентября 1909 г. выдались солнечными. Из-за недостатка времени — на 10 часов уже была назначена встреча на кладбище — не удалось совершить богослужение в церквушке около русского консульства. В Инасу отправились на небольшом пароходике, буксировавшем лодку с двумя роскошными букетами — один от Николая II, другой от посла России в Японии. Хотя путь был недолгим, случилось маленькое происшествие: из-за неожиданной волны лодка чуть не затонула. Все обошлось, но венки с лентами немного подмокли.
Перед входом на кладбище выставили почетный караул из военных моряков и солдат. Здесь собралась огромная толпа японских офицеров и чиновников во главе с губернатором Нагасаки. Очень красиво выглядели японки в парадных кимоно. Кучкой стояли русские жители Нагасаки, чуть в стороне от них — православные японцы. По прибытии посла началось богослужение, его вели архиепископ Николай, настоятель посольской церкви протоиерей Петр Булгаков, нагасакский священник отец Антоний Такай, дьякон Д. Львовский и осакский иподьякон Моисей Кавамура. Окропление святой водой при пении «Спаси Господи, люди Твоя» совершил владыка Николай. Потом торжественно прошло отпевание. Очень хорошо пели Булгаков, Львовский и Зозуля, житель Нагасаки, имевший мощный и хорошо поставленный бас. В руках всех присутствующих, как христиан, так и иноверцев, горели свечи, розданные заранее. После прочтения Евангелия владыка Николай выступил с небольшой надгробной речью, назвав в ней имена погибших. На словах «вечная память героям» раздался троекратный ружейный салют.
По окончании богослужения стали возлагать венки. Первым на могилу легли цветы от российского государя, затем — от посла, японских Военного и Морского министерств, адмирала Гото и огромное количество венков от других высших и гражданских чинов Японии. Цветами буквально завалили весь памятник. После этого посол и все японцы отправились в храм Госиндзи, где прошло торжественное буддийское богослужение, устроенное членами Общества мира (Вагокаи). Для его проведения собрались настоятели большинства буддистских храмов Нагасаки. Позднее протоиерей Петр Булгаков опубликовал полный текст этого богослужения.