Его главные филологические, в том числе узколингвистические, работы также непосредственно связаны с исследованиями в области буддизма. Необходимо выделить особо его докторскую диссертацию — «Очерк фонетики и морфологии языка пали» (1872). Эта работа была признана лучшей грамматикой пали для своего времени. В 1874 году она была переведена на французский, а в 1875 году — на английский язык. Известно, что в те годы именно по грамматике Минаева изучался пали в Индии и Бирме.
Несколько особняком стоит его научно-популярный «Очерк важнейших памятников санскритской литературы». Это — первая русская сводная работа по древнеиндийской литературе. Она отличается множеством превосходных переводов отрывков — образцов различных жанров древнеиндийской литературы, инкорпорированных Минаевым в основной текст. Многие частные выводы и наблюдения Минаева не устарели.
Третью группу индологических работ И. П. Минаева составляют историко-географические исследования. Его внимание сосредоточивается на вопросах исторической географии, истории географии и географических открытий.
По первой проблематике непреходящую ценность представляет исследование палийских источников, позволившее реконструировать связи Древней Индии с Вавилоном. Результаты этого исследования были обобщены И. П. Минаевым в небольшой статье — «Новые факты относительно связи древней Индии с Западом» (1870).
В известной степени пограничное место между работами по истории географии и исторической географии занимает его капитальный труд «Сведения о странах по верховьям Аму-Дарьи», вышедшей в 1879 году. Эта работа и поныне сохраняет свое значение как источник по истории географии и исторической географии района Памира и сопредельных областей.
В области исторической географии И. П. Минаев прежде всего интересовался ранним этапом открытия и исследования Индии со стороны Европы. Вот почему он уделил столь большое внимание тексту «Записок» Марко Поло. И. П. Минаевым был выполнен лучший на русском языке, подлинно научный перевод этого старофранцузского текста, изданный уже после его смерти, в 1902 году, под редакцией выдающегося русского востоковеда академика В. В. Бартольда.
Как переводчик и комментатор Марко Поло И. П. Минаев поражает нас своей эрудицией, ювелирной техникой перевода, что обеспечило его неоднократные переиздания.
И. П. Минаев, сделавший так много для установления культурных связей России с Индией, не мог, естественно, не интересоваться историей русско-индийских отношений. Главное место в этой группе работ Минаева занимает его замечательное исследование «Старая Индия. Заметки на "Хожение за три моря Афанасия Никитина”», вышедшее в 1881 году.
Эта работа далеко переросла первоначальный замысел ее автора — создать научный комментарий к тексту «Хожения». По сути дела, это блестящее исследование по проблемам истории Индии XV–XVI веков. Замечательно, что И. П. Минаев привлек для сравнительно-исторического изучения не только материалы индийских, других восточных и европейских источников, но и данные, собранные им во время поездки по Махараштре, где за несколько веков до этого бывал и Никитин.
Большой интерес представляет методика Минаева — исследователя «Хожения» Афанасия Никитина. Комментируя какое-либо место из записок русского путешественника, ученый не только сопоставляет сведения Никитина с данными других источников, но и дает весьма полное аналитическое описание упоминаемого в «Хожении» института или явления экономической, социальной или духовной жизни Индии XVI века, часто прослеживая его дальнейшую эволюцию вплоть до современной Минаеву эпохи.
К этому исследованию И. П. Минаева тематически примыкает его небольшая работа «Русские помыслы об Индии в старину», представляющая превосходный разбор известных в то время сведений о русско-индийских отношениях XVI–XVIII веков. Написанная по поводу издания в 1884 году Д. Кобеко документа, относящегося к попытке завязать дипломатические отношения с Индией, предпринятой при царе Алексее Михайловиче, эта работа Минаева вышла далеко за рамки обычной журнальной рецензии и приобрела значение самостоятельного научного исследования.
С географией и этнографией Минаева связывала его разносторонняя деятельность как одного из ведущих членов Русского географического общества, в которое он был избран в 1871 году. На плечи Минаева легла значительная часть научно-организационной работы в обществе, особенно по его этнографическому отделению, после того как в 1878 году он был избран членом Совета общества.
Наконец, наиболее многочисленную группу индологических работ (около пятидесяти опубликованных) Ивана Павловича составляют исследования по проблемам современной ему Индии. Основное место среди них занимают многочисленные научно-публицистические статьи, но центральное место остается за вышедшими в 1878 году «Очерками Цейлона и Индии. Из путевых заметок русского», а также за впервые опубликованными в 1955 году дневниками его второго и третьего путешествий в Индию и Бирму.