В этом звании, по поручению Самойловича, Мазепа ездил в Москву еще несколько раз, и, смекнувши, что в правление царевны Софьи вся власть находилась в руках ее любимца Голицына, подделался к временщику и расположил его к себе. И перед ним, как прежде перед Матвеевым, вероятно, помогали Мазепе его воспитание, ловкость и любезность в обращении. Голицын и Матвеев оба принадлежали к передовым московским людям своего времени и сочувствовали польско-малорусским приемам образованности, которыми отличался и блистал Мазепа. Когда, после неудачного крымского похода, нужно было свалить вину на кого-нибудь, Голицын свалил ее на гетмана Самойловича: его лишили гетманства, сослали в Сибирь с толпою родных и сторонников, сыну его Григорию отрубили голову, а Мазепу избрали в гетманы, главным образом оттого, что так хотелось любившему его Голицыну. Обыкновенно обвиняют самого Мазепу в том, что он копал яму под Самойловичем и готовил гибель человеку, которого должен был считать своим благодетелем. Мы не знаем степени участия Мазепы в интриге, которая велась против гетмана Самойловича, должны довольствоваться только предположениями, и потому не вправе произносить приговора по этому вопросу.
Уже давно в Малороссии происходила социальная борьба между "значными" казаками и чернью; к первым принадлежали зажиточные люди, имевшие притязание на родовитость и отличие от прочей массы народа; чернь составляли простые казаки, но к последним, по общим симпатиям, примыкала вся масса поспольства, т. е. простого народа, не входившего в сословие казаков, но стремившегося к равенству с казаками. Все старшины, владея доходами с имений, приписанных в Малороссии к должностям или чинам, были сравнительно богаты и необходимо считались в классе значных; тем более причисляли себя к значным и держались их интересов лица, которые получили польское воспитание и облечены были, по своему рождению или пожалованью, шляхетским достоинством. Гетман, проведший молодость в Польше при дворе польского короля, был именно из таких. Он естественно должен был принести в казацкое общество, куда поступил, то польско-шляхетское направление, к которому так враждебно относилась малорусская народная масса. Скоро выказал Мазепа свои панские замашки и стал вразрез с народными стремлениями. Это тем более было для него неизбежно, что, действуя в польско-шляхетском духе, он одинаким образом должен был поступать для того, чтобы заслужить расположение московского правительства и удержаться на приобретенном гетманстве. Через несколько времени (в 1696 году), видевшие близко состояние Малороссии сообщали в Москву, что Мазепа окружил себя поляками, составил из них, в качестве своей гвардии, особые компанейские сердюцкие полки, что он мирволит старшинам, что он позволил старшинам обращать казаков к себе в подданство и отнимал у них земли. Мазепа первый ввел в Малороссии панщину (барщину) или обязательную работу, в прибавку к дани, платимой земледельцами землевладельцам, у которых на землях проживали. Мазепа строго запрещал посполитым людям поступать в число казаков, и этим столько же вооружал против себя малорусскую простонародную массу, сколько угождал видам московского правительства, которое не хотело, чтобы тяглые люди, принуждаемые правительством к платежу налогов и отправлению всяких повинностей, выбывали из своего звания и переходили в казацкое сословие, пользовавшееся, в качестве военного, льготами и привилегиями. Как только установился Мазепа на гетманстве, тотчас приблизил к себе свою родню. С ним было двое племянников, сыновей мазепиных сестер: Обидовский и Войнаровский. Мать Мазепы, инокиня Магдалина, сделалась настоятельницею киевского Фроловского монастыря. Московское правительство не только не поставило Мазепе в вину его поступков, но, для большего охранения его личности от народа, послало к нему полк стрельцов. "Гетман, - извещает один путешественник, посещавший тогда Малороссию, - стрельцами крепок, без них хохлы давно бы его уходили, да стрельцов боятся, от того он их жалует, беспрестанно кормит и без них шагу не ступит".
Рассчитывая на могущество Голицына, Мазепа всеми способами старался угождать ему до тех пор, пока Петр в 1689 году не разделался с правлением Софьи и не отправил Голицына в ссылку. Мазепа, во время случившегося в Москве переворота, приехал случайно в столицу, разумеется, с намерением кланяться временщику, но, увидавши, что власть переменилась, постарался скорее разорвать связь с прежним правительством и примкнуть к новому. Это ему удалось. Мазепа стал просить у правительства того, чего именно русское правительство и домогалось в Малороссии, например, прибавки ратных людей, переписи казаков и стеснительных мер против народного буйства. И к Петру лично сумел подделаться Мазепа. Молодой царь полюбил его, и с тех пор считал его искренне преданным своим слугою.