Немедленно после разослания царского манифеста об избрании нового гетмана, Меншиков отправился с корпусом войска к Батурину, Мазепиной столице, где заперлись самые ярые сторонники Мазепы. Начальствовали над батуринским гарнизоном: полковник над сердюками Чечел, есаул Кенигсек, полтавский полковник Герцик и какой-то сотник Димитрий. Меншиков, подступивши к Батурину, отправил в город сотника Марковича с увещанием сдаться. Чечел, к которому привели Марковича, сказал, что они сдаваться не будут без указа своего гетмана; Чечел при этом показал вид, как будто не знает ничего об измене Мазепы. Вслед за Марковичем, на лодке по реке Сейму выплыл киевский воевода, князь Дмитрий Голицын. Чечел выслал к нему посланцев, и, когда Голицын стал их уговаривать, задорные мазепинцы начали со стен ругаться и стрелять из ружей. Тогда Меншиков велел войску переправляться и наводить мосты. Ночью осажденные прислали к Меншикову опять посольство; оно уверяло русского предводителя, что осажденные остаются верными царскому величеству и готовы пустить его войска в замок, но просят три дня срока. Меншиков понял, что это хитрость. Изменники рассчитывали, что к ним придут шведы на помощь. Меншиков дал им сроку только до утра. В 6 часов другого утра Меншиков сделал приступ и приказал истреблять в замке всех без различия, не исключая и младенцев, но оставлять в живых начальников, для предания их казни. Все имущество батуринцев отдавалось заранее солдатам, только орудия должны были сделаться казенным достоянием. В продолжение двух часов все было окончено: гетманский дворец, службы и дворы старшин - все было превращено в пепел. Все живое было истреблено. Кенигсек взят в плен жестоко раненым; Чечел бежал, но пойман был в ближнем селе казаками и доставлен Меншикову.
6 ноября съехалось в Глухов духовенство, в том числе киевский митрополит и два архиерея: черниговский Иоанн Максимович и переяславльский Захарий Корнилович; было четыре полковника, оставшихся верными: стародубский - Иван Скоропадский, черниговский - Павел Полуботок, переяславльский - Томара и нежинский - Жураховский; они прибыли с сотниками и казаками своих полков. После предварительного молебствия, ближний боярин князь Григорий Федорович Долгорукий открыл выбор гетмана по старинным обычаям, наблюдавшимся со времени присоединения малорусского края к России. Бывшая здесь старшина предложила в гетманы Скоропадского, зная, что государю угодно его сделать гетманом. Скоропадский, соблюдая давний казацкий обычай, отказывался, признавал себя недостойным такой чести, отговаривался своей старостью и советовал выбрать в гетманы молодого и заслуженного человека. Многие казаки тогда же указали на Полуботка, но вслед за тем должны были оставить намерение избрать этого человека, потому что Петр не утвердил бы его, отозвавшись перед тем о личности Полуботка такими словами: "Он очень хитр и может уравниться Мазепе". Итак, избран был Скоропадский. По избрании, он присягнул в церкви, а потом получал поздравления от царя и ближних вельмож. Через несколько дней после избрания, 12 ноября, в соборной Троицкой церкви после литургии и соборного молебна совершен был обряд проклятия Мазепы, сочиненный, вероятно, самим Петром. Духовенство пропело над портретом Мазепы, украшенным орденом Андрея Первозванного, трижды анафему его имени. По совершении проклятия, палач потащил портрет по улице веревкой и повесил на виселице. На другой день после того совершена была казнь над Чечелом и другими мазепинцами, взятыми в Батурине. Духовенство распорядилось, чтобы по всей Малороссии на церковных дверях прибито было объявление, извещавшее, что Мазепа со всеми своими единомышленниками, приставшими ко врагам, отвержен от церкви и проклят. Малороссийские архиереи грозили таким же отлучением от церкви и от причащения Святых Тайн всем тем, которые окажут сочувствие к измене или пристанут к неприятелю.