Из собора царь, вместе с царевичем, отправились в Преображенское село на обед. В 3 часа пополудни туда съехались министры и сенаторы, пили и веселились. В этот же день был опубликован манифест, обращенный ко всему русскому народу, уже прежде прочитанный во дворце Думашевым. В этом манифесте объявлялось о давней и постоянной неохоте царевича к воинским и гражданским делам, о его безнравственности, о том, что он еще при жизни своей жены "взял некую бездельную и работную девку" и с оною жил явно беззаконно, что это способствовало смерти его жены; потом излагалась история его побега, сообщалось, между прочим, что императорский наместник в Неаполе объявил царевичу, что цезарь не станет держать его в своих владениях 2, наконец объявлялось, что царь "отеческим сердцем о нем соболезнуя", прощает его и от всякого наказания освобождает, но лишает наследства после себя, "хотя бы ни единой персоны царской фамилии не оставалось", а вместо отрешенного от наследства, назначает своим наследником другого своего сына, Петра, которого все подданные должны признать в качестве наследника престола посредством целования креста. Затем все, которые станут признавать Алексея наследником престола, объявлялись изменниками.
На другой день после объявления манифеста царевичу задали вопросные пункты, требовали от него показаний не только о действиях, но и о словах, какие он произносил сам и какие он слышал от других в разное время. Вопросные пункты оканчивались такими зловещими словами: "Ежели что укроешь, а потом явно будет, то на меня не пеняй, понеже вчерась пред всем народом объявлено, что за сие пардон не в пардон".
Мелкая, эгоистическая натура Алексея проявилась во всей силе. Царевич настрочил показание, в котором прежде всего очернил Александра Кикина, как главного советника к побегу, показал, что говорил своему камердинеру Ивану Большому Афанасьеву о своем намерении бежать, но не получил одобрения; показал на Дубровского, которому передавал деньги для своей матери; показал на своего учителя Вяземского, на сибирского царевича, на Ивана Кикина, на Семена Нарышкина, на князя Василия Долгорукого и на свою тетку, царевну Марию Алексеевну; оговорил Кейля, секретаря имперского канцлера Шенборна, будто он принуждал его писать письма сенаторам и архиереям, хотя эти письма и не были им посланы. Показание царевича не заключало, однако, полной искренности: он раскрывался только вполовину, так что его показания могли притянуть других в беду, а о себе всего не сказал.
Александра Кикина, вместе с Большим Афанасьевым, схватили в Петербурге, привезли в Москву и подвергли страшным истязаниям в Преображенском приказе. Его пытали четыре раза. Кикин упорно запирался, отрицал справедливость показаний царевича, наконец, после новых, невыносимых мучений, сказал: "Я побег царевичу делал и место сыскал в такую меру - когда бы царевич был на царстве, чтоб был ко мне милостив". Его приговорили к колесованию.
На другой день после казни, истерзанный Александр Кикин лежал на колесе еще живой; царь подъехал к нему, слушал, как он стонал, вопил и молил отпустить душу его на покаяние в монастырь. Петр приказал отрубить ему голову и воткнуть на кол.
Камердинер Иван Большой Афанасьев оговорил многих, но не спас себя: и его приговорили к смерти, но приговор отложили. То же сделали и с Дубровским, сообразно показаниям царевича.
Сенатора князя Василия Долгорукого привезли из Петербурга скованным в Москву. Этого человека никак не могли обвинить в соучастии с царевичем, которого он хорошо понимал, но ему поставили в вину некоторые остроты, произнесенные им неосторожно. Так, например, когда начали говорить, что царевич возвращается в Россию, князь Василий сказал: "Вот, дурак, поверил, что отец посулил ему жениться на Афросинье! Желв ему, а не женитьба, черт его несет; его, дурака, обманывают нарочно". Василия Долгорукова отправили в Петропавловскую крепость, а потом сослали в Соликамск. Учитель Вяземский отписался, показавши, что ничего не знал об умыслах царевича, который давно уже не любит его и теперь наговорил на него по злобе. Вслед за тем в Петербурге арестовали человек двадцать и отправили в ножных кандалах в Москву. Всем жителям Петербурга объявлено было запрещение выезжать из города по московской дороге под опасением смертной казни.
В тот же день Петр послал Григория Скорнякова-Писарева за бывшею своею женою Евдокиею. Скорняков-Писарев привез ее в Москву и донес, что нашел ее не в монашеском, а в мирском платье. Этот человек, впоследствии сам испытавший горькую участь от Петра, угождая царю, давал советы хватать того и другого, чтоб открывать "воровство". По его совету, вслед за несчастною царицей, потащили в Преображенский приказ целую толпу мужчин и женщин духовного и мирского чина.