По смерти царя Федора Алексеевича осталось несколько сестер его и двое братьев: Иван и Петр. Тогда, как известно, объявлен был преемником умершему царю меньшой из царственных братьев, Петр. Старшего обошли, как "скорбного главою" (недостаточно умного). Но, по интригам сестры их Софии, в Москве произошло смятение; устранение от престола старшего из братьев приписали козням Нарышкиных, родственников с матерней стороны меньшого брата; стрельцы произвели переворот, который привел к тому, что оба брата были провозглашены вместе царями и должны были нераздельно царствовать. Несмотря на то, что их происхождение от разных матерей уже прежде возбуждало недоразумения и послужило поводом к стрелецкому восстанию, оба брата не ссорились между собою, как ни старалась поселить между ними рознь царевна София, рожденная от одной матери с Иваном. Петр скоро показал свои необыкновенные способности и вступил в управление делами. Иван сознавал свою духовную скудость, ни во что не вмешивался, ни в чем не перечил брату и спокойно прозябал в своих кремлевских дворцах и в своем подмосковном селе Измайлове. В 1684 году 9 января он соединился браком с девицею Прасковьей Федоровной Салтыковой. Ее прадед был знаменитый в русской истории Михайло Глебович Салтыков. В Смутное Время он держался стороны поляков, горячо старался о воцарении в Московском государстве польского королевича Владислава, но не встретил сочувствия в русском народе и в 1612 году, когда дело поляков явно казалось проигранным, перебрался со всем семейством в Польшу. Его внук Александр (сын Петра Михайловича Салтыкова) во время завоевания Смоленска царем Алексеем Михайловичем присягнул московскому царю и перебрался в его владения, где оставалось немало лиц, носивших одно с ним родовое прозвище, и некоторые из них занимали в государстве важные места. Установившись на родине своих предков, Александр Петрович Салтыков служил некоторое время воеводою в Енисейске, был вызван оттуда царевной Софией Алексеевной и сделан воеводой в Киеве. Тогда он переменил свое имя Александра на имя Федора, в честь царя Федора Алексеевича. У него был сын Василий и две дочери: Прасковья и Анастасия. Первая стала супругою царя Ивана Алексеевича.
Нам не сохранилось подробностей о совершении этого брака, но, без сомнения, он совершился так, как совершались царские браки того века: собирали со всего государства девиц дворянского звания, царь делал им смотр и выбирал из них ту, которая ему больше других нравилась. Есть предположение, что в этаком выборе царя Ивана Алексеевича было участие царевны Софии: это подтверждается, во-первых, тем, что София уже прежде относилась благосклонно к родителю Прасковьи, перед тем пожалованному званием боярина; во-вторых, тем, что, по слабоумию своему, царь Иван Алексеевич едва ли был способен без чужого влияния решиться на важный шаг в жизни. Молодая царица оказалась плодовитою матерью семейства. В супружестве с царем Иваном Алексеевичем у нее было пять дочерей, - две из них померли в младенчестве, три достигли совершенных лет: Екатерина (род. в 1692 г.), Анна (род. в янв. 1693 г.) и Прасковья (род. в 1694 г.).
Царь Иван Алексеевич пребывал в царском сане до 1696 года, пользуясь почестями, приличными этому сану, являлся народу в торжественных случаях в царском облачении, участвовал в приемах иностранных послов, и его имя ставилось с именем брата во всех государственных актах. Но власти у него не было никакой. Всем управлял Петр, оказывая старшему брату подобающие знаки уважения. Так дожил царь Иван Алексеевич до 29 января 1696 года и в этот день, в третьем часу пополудни, скоропостижно скончался.