Около того же времени Василий покончил и с последним удельным князем, Василием Шемячичем (внуком Шемяки), князем северским. Князь этот в продолжение многих лет верно служил Василию, храбро бился против поляков и крымцев, но в 1523 году Василий потребовал его к себе. Шемячича обвиняли в тайных сношениях с Литвой. Он боялся ехать в Москву, но митрополит Даниил (преемник Варлаама, заточенного великим князем в монастырь) заверил его своим словом, что ему не будет ничего дурного. Шемячич поехал, был закован в цепи, посажен в тюрьму; там он и скончался. Троицкий игумен Порфирий решился было ходатайствовать за него. Воспользовавшись приездом Василия в Троицкий монастырь на храмовой праздник, он сказал ему смело: «Если ты приехал сюда в храм Безначальной Троицы просить милости за грехи свои, будь сам милосерд над теми, которых гонишь ты безвинно, а если ты, стыдясь нас, станешь уверять, что они виновны перед тобой, то отпусти по Христову слову какие-нибудь малые деяния, если сам желаешь получить от Христа прощения многих талантов». Василий сначала приказал выгнать его из монастыря, а потом, по доносу некоторых монахов, велел привезти из пустыни, куда он удалился, в Москву и засадил в тюрьму в оковах. Жена темничного стража, сжалившись над Порфирием, освободила его от оков и доставила ему возможность убежать, но Порфирий, выжидая удобного времени для бегства, спрятался в потаенном месте и увидел, что сторож, не найдя его в темнице, хотел зарезаться, боясь гнева Васильева. Тогда Порфирий вышел к нему и сказал: «Не убивай себя, господин Павел (так звали сторожа), я цел, делай со мной, что хочешь!» Василий, узнав об этом, отпустил Порфирия на свободу, но не возвратил ему игуменства. Порфирий удалился в белозерские пустыни, где жили его друзья: Артемий, которому суждено было играть такую видную роль при Иване Грозном, и Феодорит, просветитель лопарей. Митрополит Даниил поступил в этом деле не так, как Порфирий; несмотря на свое святительское слово, данное Шемячичу, он, всегдашний угодник власти, одобрял поступки великого князя со своей жертвой.
Противно такому христианскому человеколюбивому взгляду существовал, однако, другой взгляд в русском народе на уничтожение уделов. По поводу заключения того же Шемячича, какой-то юродивый кричал на улице: «Время очистить московское государство от последнего сора». Юродивые в то время выражали то, что думал народ. Шемячич был последний из удельных князей со старыми преданиями. Владения братьев великого князя не могли уже называться уделами в прежнем смысле.