По Столбовскому договору со шведами постановлено было выдавать перебежчиков из обоих государств. К Швеции, как известно, отошли новгородские земли, населенные русскими. Из этих земель многие бежали в русские пределы. Выдавать их казалось зазорным, тем более, когда они говорили, что убегали оттого, что их хотели обратить в лютеранскую веру. Московское правительство договорилось со шведским заплатить за перебежчиков частью деньгами, а частью хлебом. Но в это время был хлебный недород. С целью выдать шведам хлеб по договору, правительство поручило скупку хлеба во Пскове гостю Емельянову. Этот гость увидел возможность воспользоваться данным ему поручением для своей корысти и, под предлогом соблюдения царской выгоды, не позволял покупать хлеба для вывоза из города иначе, как только у него. Хлеб, и без того вздорожавший от неурожая, еще более поднялся в цене. Псковичи естественно стали роптать на такую монополию; черные люди собирались по кабакам и толковали о том, что государством правят бояре и главный из них Морозов, что бояре дружат иноземцам, выдают казну шведской королеве, вывозят хлеб за рубеж, хотят «оголодить» русскую землю.
В это время до псковичей дошел слух, что едет швед и везет из Москвы деньги.
27 февраля 1650 года человек тридцать псковичей из бедного люда (из меньших людей) пришли к своему архиепископу Макарию толковать, что не надобно пропускать за рубеж хлеба. Архиепископ позвал воеводу Собакина. Воевода пригрозил «кликунам», как называли тогда смелых хулителей начальственных повелений. Но кликуны не испугались воеводы и на другой день, 28 февраля, подобрали себе уже значительную толпу. Они собрались у всенародной избы и стали кричать, что не надобно вывозить хлеба. Вдруг раздался крик: «Немец едет! Везет казну из Москвы!»
Действительно, в это время ехал шведский агент Нумменс и вез до двадцати тысяч рублей из тех денег, которые были назначены для уплаты шведам за перебежчиков. Нумменс ехал к Завеличью, где тогда стоял гостинный двор для иноземцев. Народ бросился на него. Его потащили ко всенародной избе, подняли на два, поставленные один на другой, чана, показали народу, отняли у него казну и бумаги и посадили под стражу. Потом толпа бросилась к дому ненавистного ей гостя Емельянова. Гость успел убежать. У жены его взяли царский указ, в котором было сказано, «чтобы этого указа никто не ведал». Псковичи кричали, что грамота писана боярами без ведома царя. Мятежники выбрали свое особое правление из посадских, не хотели знать воеводы и отправили в Москву от себя челобитчиков. Псковичи жаловались, что воевода берет в лавках насильно товары, заставляет ремесленников на себя работать, у служилых людей удерживает жалованье; его сыновья оскорбляют псковских женщин; воеводские писцы неправильно составили писцовые книги, так что посадским тяжелее, чем крестьянам. Что касается до поступка с Нумменсом, то псковичи говорили, будто швед им грозил войною. Кроме этой челобитной, псковичи послали особую челобитную к боярину Никите Ивановичу Романову, просили его походатайствовать, чтобы вперед воеводы и дьяки судили вместе с выборными старостами и целовальниками и чтобы псковичей не судили в Москве.
Весть о псковском восстании быстро достигла Новгорода, а между тем и там уже народ роптал, когда царские биричи кликали по торгам, чтобы новгородские люди не покупали хлеба для себя иначе, как в небольшом количестве. Стали и новгородцы кричать, что царь ничего не знает, всем управляют бояре, отпускают за море казну и хлеб в ущерб русской земле.
Умы уже были достаточно возбуждены, когда 15 марта случайно прибыл в Новгород проездом датский посланник Граб. Посадский человек Елисей Лисица на площади, перед земскою избою, взволновал народ, уверивши его, что приехал швед с царскою казною. Он возбуждал толпу и на гостей и богатых людей, которые имели поручение закупать для казны хлеб. Ударили в набат, началась «гиль», как говорилось тогда в Новгороде и в Пскове. Толпа бросилась на датского посланника, избила его, изувечила, потом разграбила дворы новгородских богачей.
Митрополит Никон и воевода князь Федор Хилков пытались укротить мятеж, но силы у них было мало; а некоторые из служилых – стрельцы и дети боярские – перешли на сторону мятежа. Толпа освободила посаженного Никоном под стражу митрополичьего приказного Ивана Жеглова, и 16 марта составилось народное правительство из девяти человек (кроме посадских, в числе их был один стрелецкий пятидесятник и один подьячий). Жеглов был поставлен во главе этого народного правительства. По его принуждению, новгородцы составили приговор и целовали крест на том, «чтобы всем стать заодно, если государь пошлет на них рать и велит казнить смертью, а денежной казны и хлеба не пропускать за рубеж». Служилые люди, не желавшие приступать к ним, должны были поневоле прилагать руки к такому приговору. Никон пытался смирить мятежников духовным оружием и изрек над ними проклятие. Но это только более озлобило их.