По отношению к соседям Годунов держался прежней своей политики: сохранять сколько возможно мир, хотя при случае не гнушался и коварством. Польско-литовский посол Лев Сапега предлагал дружески тесный оборонительный союз Москвы с Польшей. Но это намерение не состоялось, потому что русские ни за что не хотели дозволить постройку костелов для поляков в своем государстве. Заключено было только перемирие на двадцать лет. Борис вопреки этому перемирию думал исподтишка поднять ливонцев против поляков и хотел расположить их между прочим тем, что освободил всех бывших в плену ливонцев и пораздавал им поместья. Как бы в досаду Сигизмунду Борис принял к себе Густава, изгнанного сына Эрика XIV, дал ему в удел Калугу, хотел женить на своей дочери, а потом, рассердившись на него за то, что он не хотел расстаться со своей любовницей, сослал его в Углич. С Елизаветой Годунов продолжал находиться в самых приязненных отношениях, но, предоставляя право беспошлинной торговли для англичан, сбавил, однако, наполовину пошлины и с ганзейских торговцев. Папа обращался к Борису с просьбой о пропуске его послов в Персию, и Борис велел дать им суда до Астрахани. Годунов вел сношения с тосканским герцогом и просил доставить ему искусных медиков и разных художников. С крымским ханом подтвержден был мирный договор. Только дела в Закавказье шли неудачно. Кахетинский царь Александр, поддавшийся Москве, был умерщвлен своим сыном Константином. Русские должны были оставить Кахетию. Турки вытеснили русских из Тарков с большой потерей для последних.
Никто из прежних московских царей не отличался такой благосклонностью к иностранцам, как Борис. Он пригласил на свою службу ливонских немцев, принимал также к себе иностранцев, приезжавших из Германии, Швеции, Франции, составил особый отдел войска из иноземцев, дал всем ливонцам, поселенным еще при Грозном в Москве, льготы от податей и повинностей, а для некоторых из них предоставил право беспошлинной торговли, позволил построить в Немецкой слободе протестантскую церковь, пригласил к себе несколько иностранных врачей и аптекарей, впрочем, для собственного обихода, запрещая лечить кого бы то ни было иначе, как с царского дозволения. Иностранцы, довольные обхождением с ними Бориса, говорят, что он даже помышлял выписывать из-за границы ученых людей и заводить в Москве высшую школу, но духовенство воспротивилось этому. Борис ограничился тем, что отправил учиться в Англию четырех русских дворян: это были первые русские, поехавшие для образования за границу; замечательно, что никто из них не захотел вернуться домой. Немного позднее Годунов посылал еще несколько молодых людей для той же цели в Австрию и Германию. Эти поступки не дают, однако, права видеть в Борисе какого-то преобразователя и ревнителя народного просвещения, как некоторые полагали. Борису нужны были образованные люди только для личного придворного обихода: доказательством служит то, что Борис запрещал своим иностранным медикам лечить подданных.
Борис принялся за бояр Романовых. Этот род был самый близкий к прежней династии, они были двоюродными братьями покойного царя Федора. Романовы не были расположены к Борису. Борис мог подозревать Романовых, когда ему приходилось отыскивать тайных врагов. По известиям летописей, Борис придрался к Романовым по поводу доноса одного из их холопов, будто они посредством кореньев хотят извести царя и добыть «ведовством» (колдовством) царство. Четырех братьев Романовых – Александра, Василия, Ивана и Михаила – разослали по отдаленным местам в тяжелое заключение, а пятого, Федора, который, как кажется, был умнее всех их, насильно постригли под именем Филарета в монастыре Антония Сийского. Затем сослали их свойственников и приятелей – Черкасского, Сицкого, Репниных, Карповых, Шестуновых, Пушкиных и др. Ссылка постигла даже дьяка Василия Щелка-лова, несмотря на прежнюю к нему милость и дружбу Бориса с его братом Андреем. Поместья и вотчины сосланных отбирались в казну, имущество продавалось, доносчики получали награды. Шпионство развилось до крайних пределов. По московским улицам, как говорят современники, «то и дело сновали мерзавцы да подслушивали».
Н. Ф. Некрасов. Борис Годунов рассматривает карту, по которой учится его сын.
И. Е. Репин. Инок Филарет (Романов) в заточении в Антониево-Сийском монастыре.