Избавившись от осады, Шуйский по совету с патриархом Гермогеном пригласил в Москву бывшего патриарха Иова. 20 февраля 1607 года последний разрешил народ от клятвы, наложенной им за нарушение крестного целования Борису. Еще прежде того Шуйский приказал перевезти тела Бориса, его жены и сына и похоронить в Троице-Сергиевом монастыре. Этими поступками хотел Шуйский примириться с прошлым и тем придать своей власти более законности. Но с наступлением лета силы Болотникова опять начали увеличиваться пришедшими казаками. Появился новый самозванец, родом муромец, незаконный сын «посадской женки», Илейка, ходивший прежде в бурлаках по Волге. Он назвал себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Федора; с волжскими казаками он пристал к Болотникову. После нескольких битв Шуйский осадил Болотникова и названого Петра в Туле. Какой-то муромец Мешок Кравков сделал гать через реку Упу и затопил всю Тулу: осажденные сдались. Шуйский, обещав Болотникову пощаду, приказал ему выколоть глаза, а потом утопить. Названого Петра повесили; простых пленников бросали сотнями в воду, но бояр, князей Телятевского и Шаховского, бывших с Болотниковым, оставили в живых.
Вернувшись в Москву, Шуйский думал, что теперь для него наступила пора успокоиться, и женился на княжне Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, с которой обручился еще при жизни названого царя Дмитрия. Новый самозванец в начале июля 1608 года заложил свой табор в Тушине, от чего и получил у своих противников прозвище «Тушинский вор», оставшееся за ним в истории. Города и земли русские одни за другими признавали его. Полчище его увеличивалось с каждым часом.
Переговоры Шуйского с Польшей должны были решить, чего Московскому государству ждать от польского правительства. Переговоры эти шли очень медленно. Задержав в 1606 году польских послов Олесницкого и Гонсевского, Василий отправил князя Григория Волконского с объяснениями. Волконский пробыл в Польше больше года и натерпелся там всяких упреков и оскорблений. Вслед за тем, в октябре 1607 года, прибыли новые польские послы (Друцкий-Соколинский и Витовский) в Москву. Переговоры с ними шли до июля 1608 года и наконец закончились тем, что обе стороны заключили перемирие на три года и одиннадцать месяцев, а в продолжение этого времени Польша обязалась не помогать никаким самозванцам и запретить всем полякам поддерживать Тушинского вора. Со своей стороны царь Василий отпускал всех задержанных поляков с условием, чтобы они не сносились с теми из своих соотечественников, которые находились в тушинском таборе; Марина не именовала бы себя царицей, а Мнишек не называл бы своим зятем Тушинского вора.
Но в нарушение этих условий Мнишек с Мариной и другими поляками очутились в тушинском таборе. Марина всенародно признала вора своим мужем, большая часть русских городов и земель опять отпала от Шуйского и провозгласила Дмитрия. В таких печальных обстоятельствах Шуйский обратился за помощью к шведам. Положение царя Василия в Москве было самое жалкое. Никто не уважал его. Им играли, как ребенком, по выражению современников. Шуйский то обращался к церкви и к молитвам, то призывал волшебниц и гадальщиц, то казнил изменников, но только незнатных, то объявлял москвичам: «Кто мне хочет служить, пусть служит, а кто не хочет служить – пусть идет; я никого не насилую». Москвичи уверяли своего царя в верности, а потом многие перебегали в Тушино; побывав в Тушине, возвращались в Москву; пожив в Москве, опять бежали в Тушино; беглец, явившийся в Тушино, целовал крест Дмитрию и получал от него жалованье, а вернувшись в Москву, целовал крест Василию и от него также получал жалованье. Чтобы отвадить народ от вора, Шуйский постановил давать свободу тем холопам, которые уйдут из Тушина, но выходило, что многие холопы из Москвы бежали в Тушино, чтобы потом, вернувшись, получить от царя свободу. Московские торговцы без зазрения совести возили в Тушино всякие товары, разживались и копили копейку на черный день, не пускали своих денег в оборот; от этого в Москве делался недостаток: он стал особенно чувствителен зимой, когда тушинцы отрезали путь из Рязани в Москву.
Неизвестный художник. Болотников перед Василием Шуйским. XVII в.
С. В. Иванов. В Смутное время.
17 февраля 1609 года толпа под начальством князя Романа Гагарина и Григория Сумбулова бросилась в Кремль; она состояла из многих служилых людей разных городов и, обратившись к боярам, кричала: «Надобно переменить царя! Василий сел самовольством, не всей землей выбран». Некоторые бояре уже были не в ладах с Шуйским, особенно Голицыны, так как князь Василий Васильевич Голицын сам помышлял о престоле. Но они не решились стать заодно с мятежниками, потому что за Шуйского был патриарх Гермоген. Замечательно, что патриарх сам постоянно не ладил с царем, но из чувства законности стоял за него, как уже за существовавшую верховную власть. Толпа мятежников вышла из Кремля на Красную площадь. Ударили в набат. Явился патриарх.