В 1649 году исполнилось давнее желание торговых людей: английской компании поставили в вину, что купцы ее тайно провозили чужие товары за свои, привозили свои дурные товары и «заговором» поднимали на них цены, а русским за их товары договаривались платить меньше, чем следовало. За все это права компании уничтожались, всем англичанам велели уехать в отечество; приезжать с товарами могли они впредь не иначе, как в Архангельск, и платить за свои товары пошлины. Вдобавок было сказано, что государь прежде позволял им торговать беспошлинно «ради братской дружбы и любви короля Карлуса, но так как англичане всею землею своего короля Карлуса убили до смерти, то за такое злое дело англичанам не довелось быть в Московском государстве».
Удача московского мятежа искушала народ к восстаниям в других местах.
В последующие за мятежами годы появился новый приказ – приказ Тайных дел, начало Тайной полиции. Этот приказ поручен был ведению особого дьяка; бояре и думные люди не имели к нему никакого отношения. Подьячие этого приказа посылались надсматривать над послами, над воеводами и тайно доносили царю; от этого все начальствующие люди почитали выше меры этих царских наблюдателей. По всему государству были у царя шпионы из дворян и подьячих; они проникали на сходбища, на свадьбы, на похороны, подслушивали и доносили правительству обо всем, что имело вид злоумышления. Доносы были в большом ходу, хотя доносчикам всегда грозила пытка; но стоило выдержать пытку, донос признавался несомненно справедливым.
В 1653 году по челобитью торговых людей во всем государстве заведена однообразная, так называемая рублевая пошлина по десяти денег с рубля. Каждый купец, покупая товар на продажу, платил пять денег с рубля, мог везти товар куда угодно с выписью и платил остальные пять денег там, где продавал. Взамен этого отменялись разные мелкие пошлины, хотя далеко не все. В следующем году (1654) уничтожены были, очевидно, по совету Никона откупы на множество разных пошлин (например, с речных перевозов, с телег, саней, с рыбы, кваса, масла, сена и т. п.), которые заводились не только в посадах и волостях, но и в частных владениях хозяевами. Царская грамота называла такие откупы «злодейством».
Еще в половине 1653 года предвидели, что война с Польшей неизбежна. Подготовка к ней подала повод к разным торжествам, проводам, встречам, обрядам, которые так любил царь. Царь собрал на Девичьем поле войско и приказал произнести в своем присутствии думному дьяку речь к ратным людям, уговаривал их в надежде царства небесного на небе и милости царской на земле показать храбрость на войне, если придется с кем-нибудь вести ее. 1 октября того же года Земский собор приговорил вести войну с Польшей, а 23-го числа того же месяца царь в Успенском соборе объявил всем начальным людям, что в предстоящую войну они будут без мест. В январе заключен был боярином Бутурлиным Переяславский договор, по которому совершилось присоединение Малороссии.
Знамя Богдана Хмельницкого.
Положено было в мае отправиться на войну самому государю. Прежде всего Алексей Михайлович счел нужным посетить разные русские святыни, отправил вперед себя икону Иверской Божией Матери, а 18 мая выступил в сопровождении дворовых воевод. В воротах, через которые шел государь из Москвы, устроены были возвышения, обитые красным сукном (рундуки), с которых духовенство кропило святой водой государя и проходивших с ним ратных людей.
С. И. Васильковский. Богдан Хмельницкий.
Война 1654 года шла так успешно, как ни одна из прежде бывших войн с Польшей и Литвой; однако благодушная натура Алексея Михайловича неприятно сталкивалась с обычным лукавством, свойственным московскому характеру окружавших его лиц. Сам царь сознавал это и писал Трубецкому: «С нами едут не единодушием, наипаче двоедушием как есть оболока: овогда благопотребным воздухом и благонадежным и уповательным явятся, овогда паче же зноем и яростью и ненастьем всяким злохитренным обычаем московским явятся… Мне уже Бог свидетель, каково ставится двоедушие, того отнюдь упования нет… все врознь, а сверх того сами знаете обычаи их». Но более всего смущало царя то, что пока он находился в войске, осенью распространилась по Московскому государству страшная зараза. Царица с детьми бежала из Москвы в Калязин монастырь. В Москве была огромная смертность. Болезнь уничтожила большую часть жителей во многих городах. Люди от страха разбегались куда попало, а кто-то, пользуясь общим переполохом, пустился на воровство и грабеж. Бедствия этим не закончились. Зараза появлялась и в следующие два года; правительство приказывало устраивать на дорогах заставы с тем, чтобы не пропускать уезжавших из зараженных мест, но это мало помогало, так как всякого пропускали на веру, хотя за обман положена была в этом случае смертная казнь, равно как и за общение с зачумленными. После смерти зачумленных сжигали их платье и постели; дворы, где случалась смерть, оставляли на морозе, а через две недели велели топить можжевельником и полынью, считая, что этим разгоняется зараза.