25 апреля 1703 г. Петр вместе с Шереметевым, с 25 000 войска подступил к крепости Ниеншанцу, построенной при устье р. Охты, впадающей в р. Неву. После сильной пушечной пальбы комендант полковник Опалев, человек старый и болезненный, сдал город, выговоривши себе свободный выход. Между тем шведы, не зная о взятии Ниеншанца, плыли с моря по Неве для спасения крепости. Петр выслал Меншикова с гвардиею на тридцати лодках к деревне Калинкиной, а сам с остальными лодками тихо поплыл вдоль Васильевского острова, под прикрытием леса, и отрезал от моря вошедшие в Неву суда от прочей эскадры, стоявшей еще в море. Русские напали на два шведские судна с двух сторон. Шведы были застигнуты врасплох так, что из семидесяти семи человек осталось в живых только девятнадцать. Русские убивали неприятеля, даже просившего пощады, и взяли два большие судна. Событие это, по-видимому незначительное, чрезвычайно ценилось в свое время: то была первая морская победа русских, и Петр, носивший звание бомбардирского капитана, вместе с Меншиковым, пожалован был от адмирала Головина орденом Андрея Первозванного. 16 мая того же года на острове, который назывался Янни-Саари и переименован был Петром Люст-Эйландом (т. е. Веселым островом), в день Св. Троицы Петр заложил город, дав ему название С.-Петербурга. Первою постройкою его была деревянная крепость с шестью бастионами; вместе с тем царь приказал построить для себя домик, сохраняемый до сих пор, также на берегу Большой Невки дом для Меншикова, нареченного санкт-петербургским губернатором, и дома для других близких к царю сановников. В ноябре 1703 года прибыл в только что заложенный Петром город первый голландский купеческий корабль. Петр лично провел его в гавань и щедро одарил весь экипаж корабля. В том же году осенью Петр поплыл на остров Котлин, вымерял сам фарватер между островом и находившейся против него мелью и заложил крепость, назвавши ее Кроншлотом. Все это были события, оказавшиеся громадной важности по своим последствиям в русской истории. Близ возвращенного России древнего новгородского Нового-Острога, переименованного шведами в иностранное название Ниеншанца, суждено было явиться новому, также с иностранным именем, городу и сделаться столицею новой русской империи.
1704-й год был замечательно счастлив в войне со шведами. Сдался Иван-город, расположенный на другом берегу реки Наровы. Осенью Петр опять занимался постройкою кораблей на Олонецкой верфи, потом заложил в Петербурге адмиралтейство, осмотрел новозавоеванные города, Нарву и Дерпт, а в декабре праздновал в Москве свои победы и возвращение России ее древних земель. Было устроено семь триумфальных ворот, через которые проезжал государь; за ним вели пленных шведских офицеров и везли взятые у неприятеля пушки и знамена.
Петр выступил из Вильно в Курляндию, 2 сентября взял столицу Курляндии, и вся страна покорилась ему.
Верфь Голландской Ост-Индской компании.
Отсюда Петр положил идти в Литву на выручку Августа, но выслал Шереметева в Астрахань для усмирения возникшего там бунта, а главнокомандующим у себя назначил иностранца Огильви, не ладившего, однако, с любимцем царя Меншиковым. Под его начальством русское войско вступило в Литву. Главная квартира его устроена была в Гродно. В октябре прибыл туда царь и свиделся там с Августом; потом, предоставивши ведение войны фельдмаршалу Огильви, он уехал в декабре в Москву.
Между тем Карл XII, простоявши несколько месяцев в Блоне, в январе 1706 года, несмотря на суровую зиму, бросился на Гродно, думая захватить там Августа; Август хотя и не достался в руки Карла, успевши ранее выйти из Гродно с четырьмя русскими полками и соединиться со своим генералом Шиленбергом, но 2 февраля, вместе с этим своим генералом, был разбит наголову шведским генералом Реншильдом. Карл простоял под Гродно до конца марта, пытаясь взять этот город, защищаемый Огильви; наконец, по приказанию Петра, Огильви вырвался из осады и ушел, потерявши значительное число русского войска от болезней и недостатка в припасах. Карл из-под Гродно не преследовал его, а ушел на Волынь и расположил там свое войско, пользуясь изобилием, господствовавшим в стране, и облагал тяжелыми контрибуциями имения панов, придерживавшихся стороны Августа. Пребывание Карла на Волыни заставляло Петра опасаться, чтобы шведский король не ворвался в Украину, и, в предупреждение этого, Петр сначала отправил в Киев Меншикова, а 4 июля сам прибыл туда в первый раз в жизни и, пробывши там полтора месяца, заложил нынешнюю Печерскую крепость. Он оставил Украину только тогда, когда получил известие, что Карл вышел из Волыни в противоположную сторону. Петр поскакал в Петербург, а в Польшу отправил войско под начальством Меншикова; фельдмаршал Огильви был уволен.
Царь Петр на новом фрегате «Петр и Павел». Картина неизвестного голландского мастера.