В основании Верховного Тайного совета, однако, лежала не одна случайная «конъектура». В последние годы царствования Петра Великого в высшей бюрократии созрело сознание, что в административной системе Петра допущен пробел, именно: на место старой Думы не было поставлено соответствующего законодательного учреждения, ибо Сенату не было дано полномочий Думы. Князь Д.М. Голицын вместе с голштинцем Фиком (вызванным для организации коллегий) много беседовал о необходимости устроить «вышнее правительство» в виде Тайного совета – такого, который бы дал твердую организацию самой верховной власти. В момент смерти Петра Великого Голицын гласно желал воцарить внука его – Петра, а опеку над ним поручить Сенату с повышением его полномочий. Проиграв на этом, Голицын выдвинул идею законодательного Тайного совета против произвола временщика Меншикова и сумел, как видим, настоять на своем: законодательное учреждение было создано и скоро даже покусилось на формальное ограничение верховной власти (1730).
Однако между Меншиковым и его противниками и с учреждением Верховного Тайного совета все же не было прочного мира. Люди, недовольные временщиком, как допущенные в Верховный Тайный совет, так и не попавшие в него, Ягужинский и многие другие, по-прежнему не могли помириться с исключительным значением Меншикова. Дальновидный Меншиков сам понимал, что у него много врагов и что все они возлагают много надежд на царевича Петра. Чем старее становилась Екатерина, тем более вырастал Петр, тем более становилось вероятным, что власть перейдет к Петру, Меншиков потеряет свое значение и влияние приобретут родовитые люди, всегдашние приверженцы Петра. Такая перспектива пугала временщика, заставляла его заранее обдумывать меры, чтобы упрочить свое положение и на будущее время.
В начале 1727 года Меншиков уже знал, что ему нужно было делать. По совету датского и австрийского послов он решил сблизиться с царевичем Петром и добиться того, чтобы Екатерина позволила женить Петра на дочери Меншикова и признала его наследником престола. Делаясь тестем будущего государя, Меншиков обеспечивал себе высокое положение надолго. Екатерина согласилась на просьбу Меншикова о женитьбе, несмотря на то что обе дочери ее со слезами молили отказать. Придворные люди в большинстве были против Меншикова, но вопрос о престолонаследии разделил их. Сближение всемогущего временщика с Петром для приверженцев Петра было как бы ручательством в том, что Петр наследует престол. Поэтому многие из них примирились с женитьбой царевича на Меншиковой (Голицын). Но те, кто был и против Меншикова, и против Петра, забили тревогу. Толстой рискнул представить Екатерине свои доводы против предполагаемой женитьбы. Однако Екатерина осталась при своем, хотя и заявила, что никто не знает ее воли о преемнике престола и что Меншиков не может изменить этой воли.
В таком положении были дела, когда императрица неожиданно захворала горячкой. Во время ее болезни Меншиков успел сослать главного своего врага, Толстого, в Соловки и остался распорядителем дел, довольный сочувствием Голицыных и молчанием прочих. 6 мая 1727 года Екатерина скончалась. На другой день царская фамилия, Сенат, Синод, Верховный совет и все высшие чины слушали завещание Екатерины, про которое в то же время пошли слухи, что оно подложное. Этим завещанием наследником назначался Петр; в случае его бездетной смерти престол переходил к цесаревне Анне Петровне с наследником, затем к цесаревне Елизавете Петровне с наследниками (этим пунктом завещания нарушался закон Петра Великого о престолонаследии).
До совершеннолетия нового императора утверждалось регентство из Верховного Тайного совета со включением в него царевен Анны и Елизаветы.
Петру тогда было одиннадцать лет. Меншиков перевез государя из дворца в свой дом, через две недели обручил его со своей дочерью Марией и вверил его воспитание вице-канцлеру и обер-гофмейстеру Остерману. Неприятные Меншикову лица были понемногу удалены от двора, с влиятельной же знатью – Голицыными и Долгорукими – Меншиков дружил с тех пор, как стал на стороне Петра. Однако эта дружба не была прочна. Самовластие и заносчивость временщика раздражали придворную среду; много лиц стремилось разделить с Меншиковым его влияние и власть.
Петр не любил ни Меншикова, ни его дочери, своей невесты. Раньше других придворных лиц этой, антипатией Петра воспользовались Долгорукие. Действуя через любимца Петра, молодого князя Ивана Алексеевича Долгорукого, они внушали государю мысль избавиться от опеки временщика и надоевшей невесты. Так как исключительное положение Меншикова во дворце обусловливалось только благоволением к нему монарха, то Меншикова свергнуть было очень легко. По приказу императора он был подвергнут аресту и удален в свое рязанское имение, а затем в Сибирь, в Березов, после того как четыре месяца самовластно распоряжался государством.