Эта война затянулась надолго. Вначале Грозный имел большой успех в Литве. В 1563 году он взял Полоцк, и его войска доходили до самой Вильны. В 1565–1566 годах Литва готова была на почетный для Грозного мир и уступала Москве все московские приобретения. Но Земский собор 1566 года высказался за продолжение войны с целью дальнейших земельных приобретений: желали всей Ливонии и Полоцкого повета к городу Полоцку. Война продолжалась вяло. Со смертью последнего Ягеллона (1572), когда Москва и Литва были в перемирии, возникла даже кандидатура Грозного на престол Литвы и Польши, объединенных в Речь Посполитую. Но кандидатура эта не имела удачи: избран был сперва Генрих Валуа, а затем (1576) семиградский князь Стефан Баторий (по-московски – Обатур). С появлением Батория картина войны изменилась. Литва из обороны перешла в наступление. Баторий взял у Грозного Полоцк (1579), затем Великие Луки (1580) и, внеся войну в пределы Московского государства, осадил Псков (1581). Грозный был побежден не потому только, что Баторий имел воинский талант и хорошее войско, но и потому еще, что к данному времени у Грозного иссякли средства ведения войны. Вследствие внутреннего кризиса, поразившего в то время Московское государство и общество, страна, по современному выражению, «в пустошь изнурилась и в запустение пришла». О свойствах и значении этого кризиса будет речь ниже; теперь же заметим, что тот же недостаток сил и средств парализовал успех Грозного и против шведов в Эстляндии. Неудача Батория под Псковом, который геройски защищался, дозволила Грозному при посредстве папского посла – иезуита Поссевина начать переговоры о мире. В 1582 году был заключен мир (точнее, перемирие на десять лет) с Баторием, которому Грозный уступил все свои завоевания в Лифляндии и Литве, а в 1583 году Грозный помирился и со Швецией на том, что уступил ей Эстляндию и сверх того свои земли от Наровы до Ладожского озера по берегу Финского залива (Иван-город, Ям, Копорье, Орешек, Корелу). Таким образом, борьба, тянувшаяся четверть века, окончилась полною неудачею. Причины неудачи находятся, конечно, в несоответствии сил Москвы с поставленною Грозным целью. Но это несоответствие обнаружилось позднее, чем Грозный начал борьбу: Москва стала клониться к упадку только с 70-х годов XVI века. До тех пор ее силы казались громадными не только московским патриотам, но и врагам Москвы. Выступление Грозного в борьбе за Балтийское поморье, появление русских войск у Рижского и Финского заливов и наемных московских каперских судов на балтийских водах поразило Среднюю Европу. В Германии московиты представлялись страшным врагом; опасность их нашествия расписывалась не только в официальных сношениях властей, но и в обширной летучей литературе листков и брошюр. Принимались меры к тому, чтобы не допускать ни московитов к морю, ни европейцев в Москву и, разобщив Москву с центрами европейской культуры, воспрепятствовать ее политическому усилению. В этой агитации против Москвы и Грозного измышлялось много недостоверного о московских нравах и деспотизме Грозного, и серьезный историк должен всегда иметь в виду опасность повторить политическую клевету, приняв ее за объективный исторический источник.
К тому, что сказано о политике Грозного, о событиях его времени, необходимо прибавить упоминание о весьма известном факте появления английских кораблей в устьях Северной Двины и о начале торговых сношений с Англией (1553–1554), а также о завоевании Сибирского царства отрядом строгановских казаков с Ермаком во главе (1582– 1584). И то и другое для Грозного было случайностью; но и тем и другим московское правительство сумело воспользоваться. В 1584 году на устья Северной Двины был устроен Архангельск как морской порт для ярмарочного торга с англичанами, и англичанам была открыта возможность торговых операций на всем русском Севере, который они очень быстро и отчетливо изучили. В те же годы началось занятие Западной Сибири уже силами правительства, а не одних Строгановых, и в Сибири были доставлены многие города со стольным Тобольском во главе.