Наконец 7 февраля 1613 года пришли к решению избрать Михаила Феодоровича Романова. По одной легенде (у Забелина), первый на Соборе заговорил о Михаиле Феодоровиче какой-то дворянин из Галича, принесший на Собор письменное заявление о правах Михаила на престол. То же самое сделал какой-то донской атаман. Далее Палицын в своем «сказании» смиренным тоном заявляет, что к нему пришли люди многих городов и просили передать царскому синклиту свою мысль об избрании Романова. И по представительству этого святого отца будто бы синклит избрал Михаила. Во всех этих легендах и сообщениях особенно любопытна та черта, что почин в деле избрания Михаила принадлежит не высшим, а мелким людям. Казачество, говорят, также стояло за Михаила.
С 7 числа окончательный выбор был отложен до 21-го, и посланы были в города люди, кажется члены Собора, узнать в городах мнение народа о деле. И города высказались за Михаила. К этому времени надобно относить рассказы А. Палицына о том, что к нему явился какой-то «гость Смирный» из Калуги с известием, что все Северские города желают именно Михаила. Стало быть, против Михаила, насколько можно думать, были голоса только на Соборе, народная же масса была за него. Она была еще за него в 1610 году, когда и Гермоген – при избрании Владислава, – и народ высказывался именно за Михаила. Поэтому возможна мысль о том, что Собор приведен к избранию Михаила Феодоровича давлением народной массы. У Костомарова эта мысль мелькает, но очень слабо и неопределенно. Ниже мы будем иметь повод на ней остановиться.
Когда Мстиславский и другие бояре, а также запоздавшие выборные люди и посланные по областям собрались в Москву, то 21 февраля состоялось торжественное заседание в Успенской церкви. Здесь выбор Михаила был решен уже единогласно, после чего последовали молебны о здравии нового царя и присяга ему. Известясь об избрании царя, города еще до получения согласия Михаила присягали ему и подписывали крестоцеловальные записи Михаилу. По общему представлению, государя сам Бог избрал, и вся земля Русская радовалась и ликовала. Дело теперь оставалось только за согласием Михаила, получить которое стоило немалого труда. В Москве не знали даже, где он находится; посольство к нему от 2 марта отправлено было в «Ярославль или где он, государь, будет». А Михаил Феодорович после московской осады уехал в свою костромскую вотчину Домнино, где чуть было не подвергся нападению польской шайки, от которой спасен был, по преданию, крестьянином Иваном Сусаниным. Что Сусанин действительно существовал, доказательством этому служит царская грамота Михаила, которою семье Сусанина даются различные льготы. Однако между историками велась долгая полемика по поводу этой личности. Так, Костомаров, разобрав легенду о Сусанине, свел все к тому, что личность Сусанина есть миф, созданный народным воображением. Такого рода заявлением он возбудил в 60-х годах целое движение в защиту этой личности: явились против Костомарова статьи Соловьева, Домнинского, Погодина. В 1882 году вышло исследование Самарянова «Памяти Ивана Сусанина». Автор, прилагая карту местности, подробно знакомит нас с путем, по которому Сусанин вел поляков. Из его труда мы узнаем, что Сусанин был доверенным лицом у Романовых, и вообще эта книга представляет богатый материал о Сусанине. Из Домнина Михаил Феодорович с матерью переехал в Кострому, в Ипатьевский монастырь, построенный в XIV столетии мурзой Четом, предком Годунова. Этот монастырь поддерживался вкладами Бориса и при Лжедимитрии был подарен последним Романовым, как предполагают, за все, перенесенное ими от Бориса.
Посольство, состоявшее из Феодорита, архиепископа рязанского и муромского, Авраамия Палицына, Шереметева и других приехало вечером 13 марта в Кострому. Марфа назначила ему явиться на другой день. И вот 14 марта посольство, сопровождаемое крестным ходом, при огромном стечении народа отправилось просить Михаила. Источником для ознакомления с действиями посольства служат нам донесения в Москву. Из них мы узнаем, что как Михаил, так и инокиня-мать сперва, безусловно, отвергли предложение послов. Последняя говорила, что московские люди измалодушествовались, что на таком великом государстве и не ребенку править не под силу, и т.д. Долго послам пришлось уговаривать и мать, и сына; они употребили все свое красноречие, грозили даже небесной карой, наконец усилия их увенчались успехом: Михаил дал свое согласие, а мать благословила его. Обо всем этом мы знаем, кроме посольских донесений в Москву, еще из избирательной грамоты Михаила, которая, впрочем, в силу ее малой самостоятельности, как мы уже говорили выше, не может иметь особенной ценности: она составлена по образцу избирательной грамоты Бориса Годунова; так, сцена плача народного в Ипатьевском монастыре списана с подобной же сцены, происходившей в Новодевичьем монастыре, описанной в Борисовой грамоте (оттуда взял ее Пушкин для своего «Бориса Годунова»).