С политической точки зрения в Лондоне заинтересовались мыслями Щапова о старообрядцах Герцен и Огарев и их довольно случайный друг новый эмигрант В. Кельсиев. Решено было использовать старообрядцев для борьбы с самодержавием. В том же 1862 году в Лондоне начал выходить особый журнал для старообрядческих читателей под заглавием «Общее дело». Герценовский кружок вступил в сношения с казаками-старообрядцами, эмигрировавшими в Турцию. Из всех этих полунаивных-полуфантастических попыток ничего не вышло.
Тем не менее сведения о них, доходившие до русского правительства, сильно его беспокоили. Оно уже и так находилось в состоянии крайней нервности из-за ряда крестьянских волнений, последовавших вскоре за объявлением крестьянской реформы.
В течение предшествовавших четырех лет, пока реформа разрабатывалась, крестьяне выжидали решения своей участи с необыкновенным терпением. Манифест 19 февраля первоначально был составлен Н. А. Милютиным и Юрием Самариным, но затем сильно изменен митрополитом Филаретом. Манифест прочитан был во всех церквах, а экземпляр Положения о реформе выдан был каждому помещику и каждому сельскому обществу. Манифест, в обработке митрополита Филарета, был написан витиевато и запутанно, а по Положению крестьяне, первое время до окончательного введения реформы в жизнь, оставались в зависимости от помещиков.
Для крестьян это было непонятно. Им необходимы были убедительные разъяснения положения дел.
Эта задача возложена была на губернаторов. Некоторым из них удалось предотвратить волнения в их губерниях. Но некоторые относились к делу формально и не приняли нужных мер.
Правительство и Александр II лично полагались только на усмирение возможных беспорядков военной силой.
Крестьянские волнения действительно произошли в ряде губерний – Пензенской, Симбирской, Саратовской, Казанской и Тамбовской.
Александр II послал во все губернии, затронутые беспорядками, своих генерал-адъютантов и флигель-адъютантов с военными командами. Более разумным из командиров удалось уговорить крестьян разойтись, но в некоторых местах дело дошло до кровавых столкновений.
Главная трагедия произошла в селе Бездна Казанской губернии, где крестьяне были в особенном возбуждении и отказались разойтись. Генерал Апраксин, командовавший отрядом, приказал стрелять в толпу. По официальным данным, было убито 55 человек и ранено около 70 человек.
Когда весть об этом происшествии дошла до Казани, Щапов во главе с целой группой студентов отправился в Бездну, чтобы отслужить панихиду по убитым. После панихиды Щапов произнес взволнованную речь, резко протестуя против расстрела крестьян. В ответ Александр II распорядился сослать монаха, служившего панихиду, в Соловецкий монастырь. Щапов был лишен своей кафедры в Казанском университете, арестован и привезен в Петербург. Министр внутренних дел Валуев взял его на поруки и назначил чиновником особых поручений по раскольничьим делам. Но академическая карьера Щапова была кончена.
В Петербурге Щапов познакомился с тогдашними кумирами революционной молодежи – Чернышевским, Добролюбовым и Писаревым. От последнего он воспринял интерес к естественным наукам и попытался применить естественно-научный метод к своим исследованиям.
Между тем политическая атмосфера сгущалась.
В 1862 году Чернышевский был арестован и заключен в Петропавловскую крепость. В 1864 году он был приговорен к семи годам каторги. В это же время правительству стали известны сношения Щапова с Герценом, и он был выслан в Иркутск.
За время своего пребывания в Петербурге Щапов развил свою областную или земскую общинно-колонизационную теорию. Затем, однако, он, под влиянием своего увлечения естественными науками, значительно изменил ее.
В основе его областной теории лежала мысль, что земля составляла основание всего народного бытового строя:
«Рядом, на одной земле и воде, в колонизационно-географической и общинно-бытовой связи, сами собой, без всяких указов, устроились два первичных мира – город и село». Вокруг города или села образовывался уезд или волость. «Волостные или уездные миры естественно-историческим путем по речным системам и волокам смыкались в областные общины». В жизни областей были две последовательно-преемственные формы – особнообластная и соединеннообластная (федеративная). Последняя установилась после Смутного времени. Органом ее сделался Земский собор.
Самая значительная из статей Щапова, основанных на роли естествознания в истории, – «Естествознание и народная экономия». В ней он развил мысль, что естествознание и медицина имеют своей задачей улучшение «умственного и экономического быта народа». Разрешение этой проблемы он видел в «естественно-научной экономии и гигиене рабочих физических и умственных сил народа».
В Иркутске Щапов писал главным образом на местные сибирские темы. Он явился вдохновителем целого ряда сибирских областных деятелей. Вся «молодая Сибирь» многим была ему обязана.
В 1874 году скончалась жена Щапова Ольга Ивановна, которая всю себя посвятила своему мужу. Через два года умер и сам Щапов.