После заключения сделки Фауст бросается в море жизни. Но ему кажутся скучными развлечения и радости простонародья (глава «Погреб Ауэрбаха в Лейпциге»), он отказывается и «жить без размаху», погрязнуть в обыденности, возделывая свое поле или сад (к этой мудрости приходил герой философской повести Вольтера «Кандид, или Оптимизм», 1759), даже визит на кухню ведьмы оставляет его равнодушным. Однако волшебное зелье ведьмы возвращает герою молодость.
Кульминация первой части «Фауста» – история любви. Герой юношески влюбляется в Маргариту (Гретхен), соблазняет ее и погружает девушку и ее семью в череду бедствий. Философская фабула приобретает здесь черты мрачного «готического» романа: от яда гибнет мать Маргариты, Фауст убивает ее брата и бежит из города. Во время шабаша ведьм, Вальпургиевой ночи, к Фаусту является призрак Гретхен, в нем пробуждается совесть, и он требует от дьявола спасения женщины, которая оказалась в тюрьме за убийство рожденного ею ребенка. На вороных конях прилетев в тюрьму и сломав засов, Фауст предлагает любимой побег, но Маргарита (в этой сцене она похожа на безумную Офелию из «Гамлета») отказывается и в ожидании казни подчиняет себя Божьей воле.
Финал первой части строится как продолжение спора Бога и дьявола в «Прологе на небесах». «Она / Осуждена на муки!» – радостно восклицает Мефистофель. «Спасена!» – звучит «голос свыше».
Гёте сочиняет не психологический роман, а философскую драму. Во второй части «Фауста» герой предстает не кающимся грешником, а человеком, который проявляет себя теперь уже не в личной жизни, а на общественном поприще. Здесь Фауст оказывается при дворе императора, потом – в таинственной пещере, потом – в глубокой древности, откуда приводит мифологическую Елену Прекрасную. Рожденный от их брака сын вскоре умирает. А Фауст получает от императора земли на берегу моря и начинает осушать их, чтобы построить общество всеобщей гармонии и счастья. Ожидая завершения работ, снова постаревший и ослепший Фауст произносит наконец магическую, давно ожидаемую Мефистофелем фразу.
После этих слов Фауст умирает. Однако торжество Мефистофеля оказывается недолгим. Появляющиеся ангелы отбивают душу Фауста у бесов и уносят на небеса. Трагедия на самом деле оканчивается апофеозом: души Фауста и Маргариты встречаются и вместе они воспаряют к престолу Богоматери.
Ангелы, которые «парят в высшей атмосфере, неся бессмертную сущность Фауста», объясняют мотивы Божьего прощения:
Фауст спасен благодаря своему вечному движению, беспокойству, страсти к познанию и действию. Слова «остановись, мгновенье» были его минутной слабостью, а не жизненным девизом. Смысл человеческой жизни,
Образ, созданный Гёте, вступает в диалог с другими вечными образами. Фауст объединяет черты Гамлета и Дон Кихота. Подобно датскому принцу, он обнимает мир мыслью. Как и Рыцарь печального образа, он действует, активно вмешивается в жизнь, пытаясь изменить ее к лучшему.
Оригинальный взгляд на трагедию Гёте и драму Фауста предложил испанский философ (он замечательно писал и о Дон Кихоте) X. Ортега-и-Гассет в статье, написанной к столетию со дня смерти Гёте. «Обыкновенно трагедию видели в том, что на человека обрушивалась чудовищная внешняя судьба и с неумолимой жестокостью погребала под собой несчастную жертву. Однако трагедия Фауста ‹…› – нечто совершенно противоположное: ‹…› вся драма – в том, что человек отправляется искать свою внутреннюю судьбу, являя миру образ одинокого странника, которому так и не суждено встретиться с собственной жизнью. В первом случае жизнь встречает проблемы, здесь же проблема – сама жизнь» («В поисках Гёте», 1932).