В 50-е гг. Мельников-Печерский возвращается к литературному творчеству. С одной стороны, он поднимается по ступеням служебной лестницы: в 1855 г. получает чин статского советника, по поручению министра внутренних дел С.С. Ланского участвует в составлении отчета о состоянии страны за 1855 г., содержавшего объективный анализ общественных «язв» и получившего высокую оценку у Александра II при подготовке будущих реформ. С другой стороны, Мельников признавался, что государственная служба становится для него «противнее рвотного».
В 1852 г. по совету Даля в славянофильском журнале «Москвитянин» Печерский публикует рассказ «Красильниковы». Произведение написано в этнографической манере, которая приобретала обличительную направленность. Умный и хозяйственный купец Красильников убивает жену своего «учёного» сына за то, что она немка и «еретица». Сын Красильникова, не пережив потрясения, сходит с ума. Частный случай раскрывал обобщённую черту национального характера – неуважение к личности, темный фанатизм простого русского человека. Кроме обличительного фактографизма, критика отметила у писателя мастерское владение «чистым русским языком».
Следующие произведения Печерского появились в печати через пять лет. В 1857 г. в «Русском вестнике» Каткова он публикует рассказы «Дедушка Поликарп», «Поярков», «Медвежий угол», «Непременный». В рассказах обнаруживались традиции натуральной школы, влияние творчества Гоголя и Даля. Поэтика произведений строилась на подробном изображении быта провинции, очерковой точности, документальности. Материалом послужили нижегородские впечатления, связанные с негативными сторонами современной русской действительности.
Среди ценителей произведений оказались, с одной стороны, Александр II, который сказал главе путейного ведомства, подавшего на писателя жалобу, что Мельников лучше знает, что у него там творится. А с другой стороны – публицисты «Современника», которые стремились привлечь Печерского в свой журнал, видя в нем единомышленника. Высокую оценку произведение получило у Чернышевского, Писемского, Панаева и Некрасова. В литературном процессе Мельников-Печерский стал восприниматься как писатель обличительного направления, близкий Салтыкову-Щедрину.
В 1857 г. Печерский публикует в «Русском вестнике» историческую повесть «Старые годы», которую долгое время считал своим лучшим произведением. В ней в восторженном рассказе старого слуги он описывает буйную порочную жизнь помещика. Самодурство, деспотизм и такое же страстное, стихийное покаяние крепостника XVIII в. раскрываются как черты национального характера вообще.
Несмотря на отсутствие оппозиционных идей, в 1858 г. цензура запретила издавать «Рассказы А. Печерского» отдельной книгой. Сборник был опубликован лишь в 1876 г.
В конце 50 – начале 60-х гг. Печерский публикует свои произведения в «Современнике». Это «Бабушкины россказни» (1858), где также возникают стилизованные воспоминания о нравах XVIII в., и повесть «Гриша» (1861) о драматичной судьбе юноши-старообрядца. Стремясь к святости и религиозным подвигам, он становится соучастником преступления. Мотив «ослепления» народной души придавал этнографическому произведению нравственно-психологический и философский характер. Произведение знаменательно тем, что в нем формируются и другие типичные для Печерского мотивы и стилевые особенности: религиозные искания народа, духовные и культурные противоречия русского характера, разрывающегося между христианским аскетизмом и магической обрядовостью, богатый фольклорный материал, колорит живой речи. Писателю удавались яркие национальные характеры. Таким, например, был старообрядец Варлаам, который, несмотря на аскетические традиции раскольников и почтенный возраст, изображается как человек, любящий выпить и погулять.
В 1859 г. Мельников участвовал в издании ежедневной газеты «Русский дневник», где публикует рассказ «На станции» и отрывок незавершённой повести «Заузольцы», предваряющую роман «В лесах». Затем сотрудничает в газете П.С. Усова «Северная пчела», где в 1860 г. помещает любопытную рецензию на пьесу «Гроза» Островского. Как уникальный специалист по старообрядчеству, Мельников называет семью Кабановых с ее формалистическим подходом к духовности раскольничьей.
В эти годы Мельников продолжает изучение старообрядчества, публикуя в различных журналах статьи и исторические материалы. Интересуют его и другие оппозиционные религиозные движения. В статьях «Тайные секты» (1868) и «Белые голуби» (1869), напечатанных в «Русском вестнике», писатель исследует хлыстовство. Печатал Мельников и историко-публицистические работы, в частности, в 1863 г. опубликовал брошюру для народного чтения «О Русской Правде и польской кривде», направленную против польского восстания. Позже в историческом очерке «Княжна Тараканова и принцесса Владимирская» (1868) доказывал, что самозванство – «бесспорно польское дело». Патриотизм по эмоциональной инерции иногда приобретал у писателя националистический оттенок.