По мнению следствия, истоки образования команды правоохранителей, в которую входил Захарченко, можно отнести к середине 2000-х годов. Тогда серьезной силой в силовом блоке стало Управление «М» ФСБ, которое занялось несвойственными ему функциями. В частности, его сотрудники активно вели борьбу с «обнальными» площадками и банками. Правда, таким образом, что в итоге 90 % оставшихся площадок и финансовых структур, задействованных в этом теневом бизнесе, оказались под контролем одних лиц. Поскольку именно Управление «М» «одобряло» кандидатов на различные должности в МВД и в других ведомствах, то стало активно расставлять на различные посты нужных и подконтрольных людей. Так Дмитрий Захарченко и оказался в ДЭБ МВД. Его родственник (женаты на сестрах) Дмитрий Сенин в то время служил в Управлении «М» и пролоббировал его назначение в так называемый строительный отдел департамента экономической безопасности. Этот отдел был выбран не случайно. Дело в том, что одними из самых крупных клиентов «обнальщиков» являются компании, осуществляющие строительные работы. Таким образом, в профильном подразделении ДЭБ оказался свой человек. Захарченко освоился крайне быстро и вскоре стал незаменимым членом команды, преимущественно состоявшей из сотрудников Управления «М». Один раз он все же допустил прокол. В 2010 году было возбуждено крупное уголовное дело о незаконном обналичивании средств через несколько банков. И оперативники зафиксировали разговор, во время которого некий Дмитрий обсуждает возможность «замять» это расследование на уровне прокуратуры. Впрочем, тогда, кем являлся этот Дмитрий, установить так и не удалось.
В том же 2010 году в ФСБ произошли кадровые изменения. В результате значительная часть сотрудников Управления «М», в том числе Дмитрий Сенин, перешли в организационно-инспекторское управление ФСБ. Впрочем, по словам источника агентства, влияние данной команды не ослабевало вплоть до 2015 года. Ряд крупных строительных компаний, в том числе осуществлявших подрядные работы для РЖД, множество банков, рынки, поставщики продукции из-за рубежа работали под плотной опекой одних и тех же лиц и платили за спокойствие гигантские суммы.
С каждым годом возрастала роль в этой группе Дмитрия Захарченко. Постепенно он превратился в одного из ее лидеров, отвечавших за всю необходимую работу по линии МВД. «Дима очень любил „ставить“ руководителей банков и компаний на ежемесячную „абонентскую плату“, которая могла составлять и 800 тыс. долларов, и несколько миллионов долларов. По каким-то проектам деньги делились на всю команду. По каким-то – между Захарченко и Сениным. Это была очень „удобная пара“: один все решает в МВД, другой – в ФСБ. Деньги им текли рекой, объемы средств даже сложно себе представить».
Связи Захарченко по линии МВД были крайне обширными, и оперативники сейчас проявляют пристальный интерес к ряду его близких приятелей. После того как в 2015 году сменилось руководство Управления «М» ФСБ, одним из первых в разработку этого подразделения был взят Захарченко. Его задержание у членов команды вначале большого переполоха не вызвало. А вот когда прошли допросы бизнесменов, стоявших на «абонентской плате», в рядах команды начался переполох. И многие его подельники покинули Россию, а после ареста отца Дмитрия Захарченко, трое членов семьи, в том числе сестра, уехали в Турцию.
Полковнику на данный момент инкриминируются ч. 1 ст. 285 (злоупотребление должностными полномочиями), ч. 3 ст. 294 (воспрепятствование предварительному следствию) и ч. 6 ст. 290 (взятка в особо крупном размере) УК РФ.
Позже министр внутренних дел РФ Владимир Колокольцев своим приказом упразднил управление «Т» Главного управления экономической безопасности и противодействия коррупции министерства. Поводом стали результаты проверки «топливного» подразделения главка, которая была проведена после скандала с уголовным делом полковника Дмитрия Захарченко.