В октябре 1898 года специально для Кшесинской был возобновлён долго не шедший балет «Дочь фараона». Главная партия Аспиччии изобиловала эффектными танцами в пышном обрамлении многочисленных персонажей, а мимические сцены позволяли Кшесинской продемонстрировать во всём блеске унаследованное от отца мастерство драматической игры. Эта роль полностью соответствовала вкусам и способностям Кшесинской и стала одной из вершин в её карьере. Вместе с ней выступал 77-летний Феликс Кшесинский. Роль Нубийского царя и для него была одной из самых удачных.
Через несколько лет эскизы всех костюмов к этому балету были сделаны заново. К костюму Кшесинской полагалась диадема в египетском стиле. Она так понравилась Матильде, что специально для неё ювелиры Фаберже сделали точно такую же, но с настоящими камнями — шестью крупными сапфирами. Работу оплатил Сергей Михайлович.
Летом 1898 года Кшесинская вместе с Кякштом и Бекефи ездила в Варшаву, где была восторженно принята зрителями и прессой.
После окончания сезона 1898/99 годов ушёл со своего поста директор императорских театров Иван Александрович Всеволжский. Он занимал эту должность с 1881 года, всегда демонстрировал превосходное знание дела, увлечённость и незаурядные способности. За время его работы опера и балет достигли необыкновенно высокого художественного уровня. Почти все либретто опер и балетов были написаны им лично или же по его рекомендациям. Всеволжский великолепно моделировал костюмы, декорации тоже делались под его руководством.
Увы, в театре ходили слухи, что к его уходу приложила руку Кшесинская 2-я.
Новым директором императорских театров был назначен князь Сергей Михайлович Волконский — человек всесторонне образованный и прекрасный музыкант. Он замечательно играл на скрипке, был превосходным актёром и часто принимал участие в любительских спектаклях. Все ценители искусства с удовлетворением приняли весть о его назначении на должность директора императорских театров.
Почти одновременно с князем Волконским в дирекции императорских театров получил место служащего по особым поручениям Сергей Павлович Дягилев — по словам Кшесинской, «человек необычайно талантливый и предприимчивый».
Осенью 1899 года у Кшесинской произошёл конфликт с балериной Энрикетте Гримальди. В специальном контракте, заключенном дирекцией с итальянкой, за ней числилась партия Лизы в балете «Тщетная предосторожность». Естественно, что в сезон 1899/1900 годов Гримальди должна была танцевать в этом балете. Однако и Кшесинская несколько раз танцевала в «Тщетной предосторожности» и потребовала отдать ей исполнение главной партии в этом балете. Новый директор князь Волконский вежливо отказал.
На следующий день великий князь Сергей позвонил Волконскому и предложил приехать к нему. С ходу последовало предложение убрать Гримальди. Вновь вежливый отказ. В ответ крик: «Оскорбив Матильду Феликсовну, вы оскорбили и меня!» Между прочим, оскорбление члена августейшего семейства в те годы считалось уголовным преступлением и наказывалось несколькими годами тюрьмы.
Сергей, не мудрствуя лукаво, связался с Николаем II, гостившим в Дармштадте у своей новоявленной гессенской родни. И вот через две надели Волконский получил шифрованную телеграмму от министра двора барона Фредерикса: «Передаю приказ не отдавать балет «Тщетная предосторожность» балерине Гримальди, оставив за Кшесинской его».