Мудрено ли, что церковники в XVIII столетии охотно примыкали к народным бунтам? Когда во время пугачевщины Синод издал указ о запрещении в служении священников, примкнувших с самозванцу, то в Пензе пришлось закрыть вообще все церкви. В 1796–1797 гг. духовенство приняло деятельное участие в крестьянских восстаниях, охва тивших более десяти губерний. «В Псковской губернии несколько священников явились предводителями крестьян в вооруженном восстании на помещиков. В одном селе Холмского уезда крестьяне собрались в церкви, а священнослужители в полном облачении вышли из алтаря и пред крестом и Евангелием совершили для них присягу в единодушном стоянии до смерти. В Медынском уезде Калужской губернии главными виновниками поголовного восстания крестьян оказались трое священников, которые разглашали слухи о явившемся якобы манифесте насчет свободы крестьян. В Великолуцком уезде… священник „простер до такой степени свое неистовство, что изъявил неуважение к особе государя под предлогом, что он еще не коронован“» (П. В. Знаменский).
С начала XIX в. положение духовенства более-менее пришло в норму, во всяком случае, экстрима, подобного аннинскому, в его отношении не допускалось. Но оно продолжало быть совершенно зависимым от государства, презираемым как дворянством, так и крестьянством, в массе своей чрезвычайно бедным и социально почти герметически замкнутым сословием. Скажем, обязанности священников доносить о криминальных признаниях на исповеди так и не были отменены. Проповедническая их деятельность находилась под жестким контролем Синода, который в 1821 г. принял специальный указ, обязывающий батюшек показывать конспект проповеди вышестоящему начальству (столкновения священников, искренне хотевших донести живое духовное слово до своей паствы, с начальством, как церковным, так и светским, ярко изображены в «Соборянах» Н. С. Лескова). Клирики, по сути, являлись государственными служащими, удостаивались разного рода наград (с 1795 г.), а после 1830 г. стали получать жалованье, но при этом весьма скудное, да и платимое далеко не всем (о чем подробнее ниже).
С конца XVIII в., когда были отменены приходские выборы священников, окончательно определилась наследственность духовенства, практически не разбавляемого представителями других сословий. Весь XVIII в. закон фактически запрещал дворянам принимать духовный сан, да и сами дворяне не слишком стремились к нему – слишком низок был его социальный статус. Людям податных сословий такой переход был формально закрыт и большую часть следующего столетия. Лишь в 1869 г. появился закон, разрешавший любому гражданину занимать церковные должности, принципиально, однако, не изменивший устоявшийся порядок вещей, а скорее способствовавший бегству молодых поповичей из рядов своего сословия. В. В. Розанов в одной из своих статей 1904 г. приводил такие удручающие факты о положении в Нижегородской семинарии: из 60 человек, закончивших ее в 1901 г., только шестнадцать согласились стать священниками; все перворазрядники и второразрядники заявили, что уходят в университет, академии и в институты. Консерватор славянофильского толка генерал А. А. Киреев в том же 1904 г. в дневнике так прокомментировал заявление Победоносцева, что никто не хочет служить на духовном поприще: «Да из-за чего я пойду в священники? Или из-за выгоды, но выгоды ведь нет никакой, или по призванию, с целью проповедовать слово Божие, но для этого нужна свобода, а свободы-то и нет!»