Проблемы выбора пути для Михаила Бардыгина не существовало, как для большинства детей фабрикантов. Надо было продолжать промышленное и торговое дело отца, тем более что он был единственным сыном.
В семейное дело он вступил в 1883 году, предварительно совершив поездку в Западную Европу для знакомства с достижениями промышленности. Очень быстро под руководством отца он освоил все тонкости производства, посещал ярмарки в Ирбите и Харькове, заключал выгодные контракты. Михаил был не только хорошим организатором, но и грамотным специалистом. В его кабинете стояла чертежная доска.
Сохранился один из дневников Михаила Бардыгина, который он вел с 5 ноября 1885 года по 3 февраля 1886 года. О чем только не писал юный фабрикант: слухи, ходящие по городу, грабежи на дорогах, пожары… Здесь же рассуждения о жизни, ее смысле, дружбе, первой любви… Дневник свидетельствует о литературном даре и высоких моральных качествах автора. Вот как Михаил рассуждал о социальной роли промышленника в жизни общества:
«Народна честного фабриканта глядит как на своего кормильца. Пожар, увечье, хворь, старость — сколько народа они посылают с сумою? Кому, как не капиталисту, помочь им?»
Дело Бардыгиных ширилось. В 1985 году отец и сын открыли печатное отделение, спустя четыре года построили красильную фабрику в Городце.
После кончины отца в 1901 году Михаилу досталось богатейшее наследство: механоткацкая фабрика, несколько красильных фабрик, множество торговых заведений. Для руководства этим большим хозяйством Михаил Никифорович учредил в 1909 году промышленное и торговое товарищество «Никифора Михайловича Бардыгина наследник». Основной капитал товарищества составил 7 миллионов рублей. Михаил Никифорович стал директором правления товарищества. Товарищество имело многочисленные территориальные отделения, в том числе в Петербурге, Харькове, Ташкенте, Коканде, Семипалатинске, Екатеринбурге, Томске и в Китае.
Вскоре вступил в дело старший сын Михаила, названный в честь деда Никифором. Дело ширилось. Торговые обороты товарищества возросли до 18 миллионов рублей в год, что дало возможность М. Н. Бардыгину приобрести большую часть паев прядильно-ткацкой фабрики товарищества «Павла Малютина сыновья» в селе Раменском Московской губернии (ныне — город Раменское).
Михаил Никифорович был членом совета «Московского купеческого банка», членом правления «Российского взаимного страхового союза», вместе с братьями Рябушинскими — одним из учредителей «Московского банка» с капиталом в 20 миллионов рублей. При этом он никогда не забывал помогать людям. С 1897 года он стал попечителем Егорьевской мужской прогимназии.
В 1906 году он направил в городскую думу письмо, в котором выражал готовность полностью профинансировать строительство учебного заведения технического профиля. Городской думой была образована комиссия, которая признала целесообразным открытие в Егорьевске низшего механико-электротехнического училища с пятилетним сроком обучения. В училище предлагалось принимать на конкурсной основе мальчиков 13–15 лет, невзирая на сословие и вероисповедание. М. Н. Бардыгин стал пожизненным попечителем училища и сделал первый взнос на строительство в размере 200 тысяч рублей. Городская дума постановила присвоить училищу имя своего попечителя, но М. Н. Бардыгин предложил ходатайствовать о присвоении училищу имени цесаревича Алексея с принятием под покровительства Его Высочества.
Торжественная закладка здания училища состоялась 14 мая 1907 года, в день пятидесятилетия промышленного дела Бардыгиных. Тогдашний председатель Совета Министров П. А. Столыпин телеграфировал:
«Желаю процветания новому полезному рассаднику просвещения, а местным деятелям — бодрости и энергии на благо нашей любимой России».
За два года на берегу речки Гуслицы поднялись новые корпуса в стиле модерн. Особенно красив был главный корпус, украшенный затейливыми башенками. На его торце была сделана надпись: «Родному Егорьевску — Бардыгины. 1857–1907». Были также построены общежития для учащихся и квартиры для преподавателей. Улица, на которой выросли корпуса, стала называться Бардыгинская. Напротив училища, на месте бывшего болота был разбит ботанический сад с ровными аллеями и прудом. Вскоре в Егорьевск пришло радостное известие — император Николай II дал согласие на присвоение училищу имени царевича и принятие под Высокое покровительство.
В 1910 году Николай II принял делегацию города Егорьевска, в числе которой был депутат Государственной Думы М. Н. Бардыгин. Император поблагодарил егорьев-цев за создание нового училища и обменялся с ними подарками.