Бывший император жил в отдельной казарме. Ее охраняла особая воинская команда во главе с офицерами, которые состояли в непосредственном подчинении начальника Тайной канцелярии. Узник находился безвыходно в камере. Окна ее не были забраны решетками, но их тщательно закрывали и замазывали белой краской, свечи в казарме горели круглосуточно. Ивана Антоновича держали без оков, спал он на кровати с бельем, в камере стояли стол и стулья. Узник имел цивильную, неарестантскую одежду и, возможно, книги духовного содержания. Ни на минуту его не оставляли одного – караул из нескольких солдат постоянно сидел с ним в камере. Дежурный офицер жил в соседней комнате и обедал за одним столом с узником. Кроме внутреннего караула снаружи был особый внешний караул. На время уборки, которую делали приходившие из крепости служители, секретного арестанта отводили за ширму.
В 1763 году, после приезда в Шлиссельбург Екатерины II, караульные офицеры Данила Власьев и Лука Чекин получили новую инструкцию. Согласно ей, они имели право убить узника, если кто-то попытается освободить его. Такая попытка и произошла в 1764 году. Когда в ночь с 4 на 5 августа подпоручик Василий Мирович с солдатами попытались захватить казарму, в которой сидел Иван Антонович, Власьев и Чекин умертвили узника. В рапорте начальству они писали: «И потом те же неприятели и вторично на нас наступать начали и уграживать, чтоб мы им сдались. И мы со всею нашею возможностию стояли и оборонялись, и оные неприятели, видя нашу неослабность, взяв пушку и зарядя, к нам подступили. И мы, видя оное, что уже их весьма против нас превосходная сила, имеющегося у нас арестанта… умертвили».
Неясно, где находилась казарма Ивана Антоновича и имеет ли она какое-либо отношение к знаменитому впоследствии Секретному дому во дворе крепости. Эта страшная тюрьма во второй половине XVIII века стала главным узилищем для государственных и других опасных преступников. Узников Секретного дома содержали строго по инструкции. В ней предписывалось держать имя арестанта в секрете даже для охраны, узник находился в полной изоляции от других заключенных, охране строго запрещалось разговаривать с ним. Камеры обыскивали, и у заключенных отбирали запрещенные или подозрительные предметы и особенно бумагу и перья. Начальник охраны регулярно писал отчеты на имя коменданта или старшего начальника, а тот периодически рапортовал о поведении и разговорах узника в Петербург, нередко прямо генерал-прокурору или кому-то из высших должностных лиц империи.
В более удобных условиях находились присланные в крепость «на житье». Они получали жилье (по-видимому, в казармах гарнизона), им разрешали взять с собой семью, иметь перо и бумагу. Один из узников, Николай Чоглоков, даже женился на дочери коменданта крепости, и она родила ему восьмерых детей. Таким заключенным разрешались в сопровождении охраны прогулки по крепости, а родственников узника выпускали за пределы крепости на городской базар.
Так жила семья алхимика и экономиста Филиппа Беликова, который в 1745 году объявил, что может сочинить две книги, идеи которых принесут казне большой доход. Власти поощряли всевозможных прибыльщиков, поэтому отнеслись к Беликову хорошо, освободили его из сибирской ссылки, куда он попал ранее по неизвестной нам причине, и вместе с семьей отправили в Шлиссельбург «для лучшего сочинения оных» книг. Первая книга – «Натуральная экономия» – была закончена Беликовым уже через год и вызвала сомнения в умственном здоровье сочинителя, тем не менее ему разрешили сочинять обещанную им алхимическую книгу. С ее написанием у Беликова возникли проблемы, как творческие, так и бытовые – жить на 25 копеек в день ему не нравилось, семья же алхимика постоянно увеличивалась.
Случай с Беликовым уникален – судьбы сочинителей в России были всегда несколько иные. Как отмечал большой специалист тюремной истории М. Н. Гернет, «царское правительство за время своего существования пересажало немало авторов в крепости и тюрьмы за то, что они писали. Беликов же был заключен в Шлиссельбургскую крепость не за то, что он писал, а для того, чтобы он писал». Правда, толку от сидения автора не было никакого – через 18 лет его выпустили, но он так и не закончил свой труд.
Из прочих крепостных тюрем особенно известны тюрьмы Выборгской и Кексгольмской крепостей. В первой содержался церковный деятель Феофилакт Лопатинский (1739-1741 гг.), а во второй с 1775 года и до начала XIX века жили обе жены Емельяна Пугачева и трое его детей.