По смерти Вассы Иоанн принял имя Ионы и постригся в монахи. Церковь была им окончена; против нее на столбах он построил две кельи. Псковское духовенство, соблазняясь таким оригинальным построением церкви, не хотело ее освящать. Иоанн обратился к архиепископу Феофилу. Тот согласился; и, по его благословению, была освящена сделанная в горе церковь во имя Успения Богородицы. Это случилось в 1473 году. Дементьев, открывший случайно пещеру, подарил новому монастырю землю около него под устройство. Так положено было основание этой обители. Преемник Ионы, Михаил, устроил на горе другую церковь во имя киево-печерских чудотворцев Антония и Феодосия. Но обитель, построенная на границе, вскоре была разорена ливонцами, и хотя опять восстановлена, но была бедна и незначительна. Уже после падения Пскова сначала дьяк Мисюрь, а потом знаменитый Корнилий из боярского рода, бывший там игуменом, возвысили ее. Пещеры распространились и сделались местом погребения.
VI. Управление и устройство монастырей
Монастыри управлялись на основании общих правил, укорененных обычаем под верховною властью новгородских святителей. Не видно, чтоб в древности существовали для монастырей какие-нибудь привилегии, как впоследствии, освобождавшие их от суда и непосредственной власти владык. В грамоте митрополита Киприана (1391-1393) говорится: "монастыреве игумены и чернецы, попы, дьяконы и всяк церковный человек ти вси под властию в послушании святителю; никто же не смеет ни один крестьянин, ни мал ни велик, вступатися в тая дела. Аще ли который от тех игумен или поп, или чернец имать отиматися мирскими властелины от святителя, такового божественная правила извергают и отлучают... да елико есть монастырев, игумены да будут у него (у новгородского владыки) в покореньи и в послушании и весь чин священнический". Внутреннее управление основывалось на выборе. Игумен избирался братиею, а утверждался владыкою; а иногда избиралось несколько кандидатов и владыке предоставлялось утвердить одного из них по своему усмотрению. Кроме игумена, избирался келарь (казначей) и ключник (эконом). Несколько старцев протоиереев составляли собор или совет около игумена и назывались соборными старцами. Этому собору старцев и игумену, как председателю совета, принадлежал суд и управа над всеми живущими в обители и вне стен ее над всеми теми, которые к ней приписаны. Верховный суд и власть владыки над монастырем совершались чрез посредство посылаемых десятильников. Монастыри для владыки имели значение как бы доходных статей. Они платили ему судные пошлины и откуп (вероятно последний за право внутреннего самоуправления и расправы), сверх того владыки, как предполагалось, должны были ездить по монастырям с целью суда, и, следовательно, имели право ставить в монастырях лошадей и брать корм на себя и на свой двор. Но так как многие владыки не ездили постоянно по монастырям с этой целью.то необходимые издержки в пользу владык, в случае поездок, обратились в постоянные доходные статьи: монастыри должны были платить владыке, вместо того, чтоб содержать его в случае приезда. Но если не ездили по монастырям сами владыки, то ездили их десятильники с целью суда и получали в монастырях подводы, проводников и содержание. Таким образом выходило, что монастыри вдвойне отбывали одну и ту же повинность — издержки на судопроизводство над собою и деньгами и натурою. Сверх того, монастыри, находившиеся в самом Новегороде и в окрестностях его, служили предметом поживы для софийских попов, причта и архиепископских чиновников: когда наступал в монастыре престольный праздник, непременно звали к себе служить софийских попов и платили им за это. Некоторые ездили по монастырям только просить и назывались попрошатаи (по-прошатаи владычни люди в монастыри по волости у них просими не ездят). От таких поборов некоторые новгородские монастыри освобождались уже после падения новгородской независимости, когда вошло в обычай раздавать несудимые грамоты, составлявшие привилегии некоторых монастырей.