Презирая все земное, православная Церковь обходила в умственной жизни все, что ведет к целям земного счастья, обращала умственный труд на высокие предметы богословия. Древнее процветание светской литературы мало-помалу исчезло: осталась только старинная греческая страсть к диалектике и перешла на богословское поле. Предметы чисто догматические, без отношений к вопросам общественной жизни, волновали умы. Светская власть овладела и этою стороною. Как бы помогая чистоте Церкви, как бы для предостережения, чтоб такие богословские прения не перешли границ и не дошли до оппозиции против Церкви и власти, императоры помогали светскою властью духовной власти и с патриархами преследовали мирскими средствами споры, коль скоро они показывались опасными. Запрещалось мирянам и даже простым духовным толковать о религии, а велено было повиноваться и верить толкованиями учителей Церкви. О существе Божием, — говорит Киннамос, — дозволено толковать единственно учителям, владыкам, знатному духовенству, императору и тем, кому они дозволят по достоинству.
В каком виде выражалась эта власть светского могущества над духовными делами и на какие предметы обращалась мысль, показывает возникший при императоре Мануиле Комнене спор о принесении жертвы Иисусом Христом. Этот император составил такую формулу: вочеловечившийся Бог в произвольном принесении себя в жертву был вместе и приноситель, и приносимый. Император созвал синод в Константинополе с целью, чтоб эта формула была утверждена соборне. Некоторые из епископов воспротивились, хотели было защищать самостоятельность Церкви и — потеряли свои места. Спор распространился в публике, сначала в высшей, придворной, потом— в городской. Император требовал, чтобы все признавали так, как он положил, и кто сопротивлялся, кто находил, что формула составлена неправильно, или задумывал что-нибудь изменить в ней, тому грозила высочайшая немилость: одни теряли свои места, других постигало изгнание или ссылка. Для всенародного ведения государь повелел начертать свое премудрое изречение на каменной доске и повесить доску в Софийской церкви.
Столь же характеристичным было другое богословское дело в царствование того же Мануила Комнена. Для обращающегося из магометанства в христианство существовала формула: богу Магометову — анафема!" Император нашел, что эта формула, в обширном смысле, заключает в себе богохульство, ибо Магомет признавал единого Бога. Собран был синод. Императору возразили, что Магометов бог есть ложный бог. Досадуя, что духовные ему сопротивляются, император собрал другой синод в Скутари, но не явился на него сам лично, а через посредство своего секретаря настоятельно требовал снять анафему с Маго-метова бога. Когда духовные все-таки упорствовали и доказывали, что Магометов бог совсем другой, чем Бог христианский, секретарь именем государя угрожал, что это дело представится на собрание под председательством папы. Духовенство страшилось папской власти: в нем укоренилось омерзение к западному христианству. Папою умели запугать непокорных. После долгих прений, вместо прежней формулы: "Богу Магометову — анафема", написали: "Магомету с его учением и со всеми его последователями — анафема!
В XIV-м веке возник в греческой Церкви спор по поводу понятия о Фаворском свете; сущность его состояла в том, — был ли это свет существенный, или отражение.