Карьера Малиновского в качестве двойного агента неожиданно прервалась в мае 1914 года, когда заместителем министра внутренних дел был назначен В.Ф.Джунковский. Профессиональный военный, не имевший опыта контрразведывательной деятельности, Джунковский вознамерился «очистить» жандармский корпус и положить конец его политической активности: он был бескомпромиссным противником любых форм полицейской провокации. [Падение. Т. 5. С. 69; Т. 1. С. 315. Он упразднил систему полицейского надзора в армии и средней школе на том основании, что нехорошо было военным и учащимся доносить друг на друга. С.П.Белецкий, директор департамента полиции и непосредственный начальник Малиновского, считал, что эти меры расстроили работу полицейской контрразведки (там же. Т. 1.С. 70, 71, 75). Белецкий был расстрелян ЧК в сентябре 1918 г., в первую волну красного террора.]. Когда, вступив в должность, он узнал, что Малиновский является агентом полиции и что, таким образом, полиция через него проникла в Думу, Джунковский испугался крупного политического скандала и конфиденциально сообщил Родзянко, председателю Думы, об известном ему факте. [Было высказано предположение, что Джунковский избавился от Малиновского, поскольку опасался действия, которое зажигательные речи последнего в Думе могли произвести на рабочих в то время, как в России проходила новая волна промышленных забастовок. См.: Elwood P.С. Roman Malinovsky. Newtonville, Mass., 1977. P. 41–43]. На Малиновского было оказано давление, в результате чего он вышел из Думы и, получив 6000 рублей, свое жалованье за год, выехал за границу.