По прибытии в Астрахань Хохлов привел к присяге ногайских татар. Кроме того, ногайский князь Иштерек написал князю Одоевскому грамоту, в которой очень наивно представил положение зависимого татарина в смутах Московского государства: «Его милость царь дал нам грамоту, изволил обязаться защищать нас против всех врагов, а мы его милости царю обязались служить во всю жизнь нашу верою и правдою. Между тем астраханские люди и вся татарская орда начали теснить нас: служи, говорят, сыну законного царя. Весь христианский народ, собравшись, провозгласил государем сына Димитрия царя. Если хочешь быть с нами, так дай подписку, да еще и сына своего дай аманатом. Не хитри, пестрых речей не води с нами, а то мы Джана-Арслана с семиродцами подвинем и сами пойдем воевать тебя. По той причине мы и дали уланов своих аманатами».
Еще до подхода отряда Хохлова в Астрахани началось восстание против Заруцкого. Город оказался во власти восставших, а казаки с Заруцким и Мариной заперлись в кремле. Узнав о подходе Хохлова, в ночь на 12 мая «царское семейство» с верными казаками бежало на стругах вверх по Волге.
Хохлов со стрельцами на стругах и лодках немедленно бросился в погоню. Он нагнал казаков Заруцкого и наголову их разбил. Среди пленных оказалась и фрейлина Марины полячка Варвара Казановская. Однако самому Заруцкому с Мариной и «воренком» удалось уйти на трех стругах, затерявшись в волжских протоках и островах. Волга ниже Царицына помимо основного русла имеет ряд параллельно текущих левых рукавов, самый крупный из которых — Ахтуба. Рукава соединяются с основным руслом многочисленными протоками. В мае при высокой воде Волга в нижнем течении представляет собой архипелаг островов. В этом то архипелаге и затерялись три струга Заруцкого.
А тем временем воевода князь Одоевский вместо ловли беглецов вступил в переписку с Хохловым. Ведь к приходу московской рати весть Астраханский край был очищен от воров к большому негодованию Одоевского. Он писал Хохлову, чтобы тот не извещал царя об астраханских событиях до его прихода, а если уже послал гонца, то вернул бы его с дороги, «потому что им, воеводам, надобно писать к государю о многих государевых делах». Не приняв никакого участия в освобождении Астрахани, Одоевский требовал от Хохлова, чтобы тот заставил астраханцев устроить ему торжественную встречу: «А нас велеть встретить терским и астраханским людям, по половинам, от Астрахани верст за тридцать или за двадцать».
Заруцкий же рукавами и протоками Волги прошел мимо Астрахани, вышел в море, а затем по реке Яик (Урал) дошел до Медвежьего городка. Валишевский считает, что Заруцкий собирался бежать в Персию, но тогда непонятно, почему он не сделал это сразу, выйдя на стругах в Каспий? В мае море довольно спокойное, а в случае волнения он мог переждать в одной из безлюдных бухт.
В Медвежьем городке Заруцкий с Мариной оказались фактически в плену у местного казачьего атамана Уса. Князь Одоевский в Астрахани узнал о появлении Заруцкого на Яике и 6 июня 1614 г. отправил туда на стругах двух стрелецких голов Пальчикова и Онучина с отрядом стрельцов. Стрелецкий отряд 24 июня осадил Медвежий городок. Атаман Ус с товарищами осознали безнадежность сопротивления, и на следующий день городок сдался. Казаки били челом, целовали крест государю Михаилу Федоровичу и выдали Заруцкого с Мариной, Иваном и чернецом Николаем. В тот же день всю компанию под конвоем отправили в Астрахань.
6 июля 1614 г. караван стругов с пленными прибыл в Астрахань. Там Марину и Заруцкого разлучили и срочно отправили вверх по Волге в Казань. При перевозке пленников, говоря газетным штампом, были предприняты беспрецедентные меры безопасности. Их везли на двух отдельных караванах судов. Марину с сыном сопровождало 600 стрельцов, а Заруцкого — 350. При нападении больших сил противника охране было приказано немедленно убить пленных, включая ребенка. Из Казани пленников сухим путем отправили в Москву.
В конце 1614 г. положение царя Михаила было относительно стабильно. Казалось бы, самое время учинить публичный процесс над заводчиками Смуты в России. А главное, рассказать всю правду русскому народу. Ведь, начиная с 1603 г. московские правители — Борис Годунов, Лжедмитрий I, Василий Шуйский и семибоярщина — безбожно врали. Царская власть, царское слово были полностью дискредитированы. А ведь Смута еще не кончилась. На западе идет война с ляхами, на севере — со шведами, по всей стране гуляют воровские шайки, не исключено появление новых самозванцев. Разоблачение заводчиков Смуты дало бы огромный политический козырь молодому царю в борьбе с внешним и внутренним врагом.
А тут у московского правительства такие возможности! Под руками были и Марина Мнишек, и десятки знатных ляхов, которые знали первого самозванца еще с 1603 г., монах Варлаам, с которым Гришка бежал в Литву, родственники Отрепьева, монахи Чудова монастыря и т. д., и т. п. Но как раз розыск заводчиков и мог погубить новую династию. Ведь именно Романовы стояли у истоков Смуты.