Между тем польский гарнизон в Москве оказался в очень сложном положении. Поляки и их сторонники типа Фёдора Андронова окончательно разграбили царскую казну. Денег и драгоценностей было в избытке, но их нельзя было есть. Как писал Конрад Буссов, сидевший в Кремле вместе с поляками,
Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.
Наиболее важной проблемой было командование ополчением. В нём практически не оказалось знати. Среди руководителей ополчения были два боярина — Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий, но боярство их было липовое: в бояре их произвёл Тушинский вор. Прокопий Ляпунов имел более низкое звание — думный дворянин, но он получил его законным путём. По уму и энергии Ляпунов существенно превосходил обоих «тушинских бояр». После долгих споров решено было сделать главными воеводами ополчения всех троих. Такое решение существенно ослабило ополчение, как с военной, так и с политической точки зрения.
В апреле 1611 г. Ляпунов, Заруцкий и Трубецкой привели ополчение к присяге, в которой говорилось:
В ополчении возник постоянно действующий Земской собор. Собором было выбрано «правительство», которое, естественно, возглавили три главных воеводы ополчения. В противовес бездействующим московским Приказам при ополчении были созданы свои Приказы (нечто вроде современных министерств).
Власть «подмосковного правительства» признали 25 городов, в том числе Нижний Новгород, Ярославль, Владимир, Переславль-Залесский, Ростов, Кострома, Вологда, Калуга и Муром.
К сожалению, ни Земской собор, ни «правительство» не смогли не только предложить достойного кандидата на московский трон, но даже определить порядок избрания царя.
Прокопий Ляпунов оказался в чрезвычайно сложном положении. Он прекрасно понимал, что его, простого рязанского дворянина, никогда не выберут в цари. Выбирать на престол кого-нибудь из бояр, сидевших в Москве, то есть фактических врагов ополчения, не хотели ни Ляпунов, ни большинство ополченцев.