Освобождение Москвы и отступление короля Сигизмунда дало возможность заняться созывом собора для избрания царя. В ноябре 1612 г. по всем городам были разосланы грамоты с приказом выслать выборных людей в Москву. В грамотах говорилось: «Москва от польских и литовских людей очищена, церкви божии в прежнюю лепоту облеклись и божие имя славится в них по-прежнему; но без государя Московскому государству стоять нельзя, печься о нём и людьми божиими промышлять некому, без государя вдосталь Московское государство разорят все: без государя государство ничем не стоится и воровскими заводами на многие части разделяется и воровство много множится»
.Заседания собора начались 6 декабря 1612 г., хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они так соскучились по сусальным картинкам «а ля святая Русь», что с восторгом повторяли сказки XIX века.
Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то их в основном мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX века — начала XX века.
Официальная версия событий хорошо изложена у Соловьёва: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов, или своего природного русского, и порешили «литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и никоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына её на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крёстное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом». Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принёс на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Фёдорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: «Кто принёс такую грамоту, кто, откуда?» В то время выходит донской атаман и также подаёт письменное мнение: «Что это ты подал, атаман?» — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. «О природном царе Михаиле Фёдоровиче», — отвечал атаман. Одинаковое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Фёдорович был провозглашён царём»
.