В 2001 г. местные власти выделили свыше 300 тыс. рублей на поиски останков Ивана Сусанина. Естественно, останки нашли, правда, только череп без нижней челюсти. «По словам консультанта, главного археолога комитета по охране и использованию историко-культурного наследия администрации Костромской области Сергея Алексеева, «в течение двух лет мы проводили раскопки в Исуповском некрополе (на территории нынешнего Сусанинского района Костромской области) и вскрыли более 200 захоронений, а в четырех из них нашли черепа со следами рубленых ран. Мы доказали, что Сусанин не заводил поляков в болото, а просто отвёл их от места, где скрывался Михаил Романов». По словам господина Алексеева, от мифов и легенд о Сусанине учёные теперь намерены перейти к научному изучению его личности в российской истории.
Для этого в Кострому приехали ведущие российские специалисты по Смутному времени, археологии, антропологии и судебной экспертизе. Гвоздём программы стало выступление заведующего отделом идентификации личности Российского центра судмедэкспертизы (РЦСМЭ) Виктора Звягина с докладом «Идентификация захоронения Ивана Сусанина: судебно-медицинские аспекты».
Профессор Звягин объявил, что проведённое экспертами Российского центра судмедэкспертизы исследование не имеет аналогов в российской судмедпрактике. При исследовании костей использовался весь арсенал современных методов: спектральный, фенотипический, ДНК-анализы и многие другие. Хотя все доказательства носят лишь вероятностный характер, лично профессор Звягин убеждён, что найденные останки принадлежат именно Ивану Сусанину. Но, судя по вопросам, части аудитории предъявленные доказательства показались не слишком убедительными. Так, многих смутило, что молекулярно-генетическая экспертиза не дала ни положительных, ни отрицательных результатов.