31 мая отряд казачьего атамана Корелы обошел заслоны правительственных войск на Оке в районе Серпухова и разбил лагерь в десяти верстах к северу от столицы, на Ярославской дороге. На следующий день посланцы самозванца дворяне Гаврила Пушкин и Наум Плещеев в сопровождении казаков проникли в Москву и собрали на Красной площади большую толпу. С Лобного места Пушкин зачитал грамоту самозванца, написанную на имя бояр Мстиславского, Василия и Дмитрия Шуйских и других, окольничих и граждан московских. Лжедмитрий напоминал в ней о присяге, данной его отцу, Ивану IV, о притеснениях, причиненных ему в молодости Борисом Годуновым, о своем чудесном спасении (в общих, неопределенных выражениях), прощал бояр, войско и народ за то, что они присягнули Годунову, «не ведая злокозненного нрава его и боясь того, что он при брате нашем царе Феодоре владел всем Московским государством, жаловал и казнил, кого хотел, а про нас, прирожденного государя своего, не знали, думали, что мы от изменников наших убиты».
Народ взволновался. Бояре сообщили патриарху о мятеже, тот умолял бояр выйти к народу и образумить его. Бояре вышли на Лобное место, но ничего не могли поделать. Толпа потребовала от князя Василия Шуйского сказать правду, точно ли он похоронил царевича Димитрия в Угличе? Шуйский ответил, что царевич спасся, а вместо него убит и похоронен попов сын. Ворота в Кремль не были заперты, толпа ворвалась туда и захватила царя Федора с матерью и сестрой. Их отправили в старый дом Бориса Годунова, где он жил, будучи боярином. К дому был приставлен крепкий караул.
Во время пребывания в Польше и северских городах России Лжедмитрий ни разу не упомянул о своей матери Марии Нагой, заточенной в Горицком Воскресенском женском монастыре под именем инокини Марфы. Теперь ситуация изменилась. Отрепьев знал о ненависти инокини Марфы к Годуновым и поэтому рассчитывал на ее признание.
Самозванец велел разыскать Нагих или их родственников. Нашли лишь отдаленного родственника Марии Нагой дворянина Семена Ивановича Шапкина. В Туле Отрепьев торжественно произвел Шапкина в постельничии, заявив, что «он Нагим племя». Затем Шапкин с эскортом был экстренно направлен в Горицкий монастырь.
После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на ее выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.
Присяга на имя вдовы Грозного была рассчитана на эмоции малограмотных людей. Как могла царствовать монахиня, даже если она и была 20 лет назад седьмой женой царя Ивана?
Из текста присяги самозванцу, по сравнению с присягой Годунову, были исключены запреты добывать ведунов и колдунов, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и т. д. Подданные только кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», называющем себя Димитрием Углицким, в текст присяги вводился новый пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали не подыскивать царство под государями «и с изменники их, с Федкой Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».
Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?
Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое с точки зрения морали и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской «воровской» думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова — его принудительно лишили сана патриарха и сослали в Старицкий Успенский монастырь.