В 1848 году Штофрегена взял к себе флаг-офицером контр-адмирал П.А. Синицын. С флагманом лейтенант крейсировал на фрегате «Ка-гул» у абхазских берегов. В 1849 году его назначили старшим адъютантом к командиру Севастопольского порта. В этой должности моряк ходил между Севастополем и Николаевом на пароходофрегате «Бессарабия». При штабе офицер находился недолго. В 1851 году его отчислили в 37-й флотский экипаж. На корабле «Святослав» он крейсировал по Черному морю. В следующем году Штофреген — командир судна. Командуя последовательно бригами «Персей» и «Эндимион», он крейсировал у берегов Кавказа. 2 октября 1852 года его произвели в капитан-лейтенанты. В 1853 году моряк сначала командовал «Эндимионом», а затем принял бриг «Фемистокл». И на том, и на другом он находился в крейсерстве у берегов Абхазии1677
1678. В августе 1853 года «Фемистокл» под командованием Штофрегена несколько часов находился при эскадре, которая проводила учения у Севастополя. За это время командиру было сделано два сигнала, побуждающих к. выполнению инструкций1679.Когда угроза войны стала неизбежной, ходившие в Константинополь колесные пакетботы вооружили как пароходофрегаты. Штофрегена назначили командиром пароходофрегата «Херсонес»1680
. В этом качестве он участвовал при обстреле занятого турками поста Св. Николая1681. В октябре, командуя пароходофрегатом «Херсонес», капитан-лейтенант в плавании видел эскадру турецких кораблей; по его информации В.А. Корнилов с эскадрой выступил к мысу Калиакрия1682.Когда В.А. Корнилов узнал, что Нахимов блокирует в Синопе турецкую эскадру, он вышел на пароходофрегате «Одесса», взяв с собою «Крым» и «Херсонес». В разгар сражения отряд пароходов огибал полуостров, за которым скрывалась Синопская бухта. Корнилов устремился в погоню за уходившим из Синопа пароходом «Таиф», приказав двум остальным атаковать неприятеля, поставив его в два огня. Однако ядра второго пароходофрегата «Крым» не достигали цели. Тем более не имело смысла стрелять Штофрегену. После прекращения погони пароходы использовали, чтобы отвести корабли от берега и осмотреть турецкие фрегаты. После того как поврежденные корабли были подремонтированы, «Херсонес» с другими пароходофрегатами выводил их из бухты в море и сопровождал до Севастополя1
. Офицеров корабля представили к награде. В представлении Штофрегена к ордену Св. Анны II степени было записано: «За храбрость во время сражения с неприятельским пароходом, за содействие при окончательном истреблении неприятельских судов и за деятельность при выводе своих поврежденных кораблей в море»1683 1684.После Синопского сражения Штофрегена за отличие произвели 18 ноября в капитаны 2-го ранга. В 1854 году моряк продолжал командовать «Херсонесом». 5 марта ему было объявлено Монаршее благоволение за успешное снятие гарнизонов Кавказской береговой линии. Морякам пришлось уничтожать укрепления в виду английских и французских пароходов1685
.14 марта 1854 года Штофрегена командировали в Бельгию. Ему следовало заказать ударные драгунские ружья для флотских команд. Возвратился он уже в ноябре1686
. 22 апреля 1854 года Корнилов писал Н.Ф. Мет-лину: «...Насчет ружей не знаю что будем делать; за что мы наградим Штофрегена такими огромными деньгами...»1687После возвращения с 26 ноября 1854 года по 15 сентября 1855 года Штофреген состоял в гарнизоне Николаева и командовал береговой батареей № 2. 15 сентября 1855 года его командировали на завод Шепелева для заказа пароходных машин, и вернулся он в декабре того же года. 5 января 1856 года капитана 2-го ранга назначили начальником 2-го отделения оборонительной линии Северной стороны Севастополя. 26 августа его произвели в капитаны 1-го ранга с назначением командиром 31-го флотского экипажа. Так как Парижский мирный договор запретил России содержать крупные боевые корабли на Черном море, достроенные после войны винтовые корабли «Синоп» и «Цесаревич» требовалось перевести на Балтику. В 1858 —1859 годах, командуя «Цесаревичем», Штофреген перевел его из Николаева в Кронштадт1688
. В 1 — 8-м номерах журнала «Морской сборник» за 1859 год были опубликованы его донесения с перехода.В 1859 году Штофрегена наградили орденом Св. Анны II степени с императорской короной. 14 июля его назначили командиром 9-го флот-^