В августе, вскоре после дефолта, по предложению группы депутатов-аграриев Дума приняла постановление, которым рекомендовала президенту Ельцину добровольно подать в отставку. За это предложение проголосовали 245 депутатов, против — 32, остальные опять же проигнорировали голосование.
Через полгода, 13 мая 1999 года газета «Коммерсантъ» опубликовала доклад комиссии и текст заключения, подготовленного к этому докладу Федеральной службой безопасности от имени правительства. Правда не ясно, почему это было поручено ФСБ, а не, например, Министерству юстиции? И кстати, во главе ФСБ в это время стоял В. Путин, который, сам став президентом, издал указ о неподсудности бывшего президента Ельцина.
Первым пунктом обвинений была роль Б. Ельцина в подготовке, разработке, подписании и осуществлении Беловежских соглашений, которые привели к уничтожению СССР.
По пункту первому основное возражение ФСБ состояло в том, что комиссия, оценивая деяния президента России, ссылалась на Уголовный кодекс РСФСР, в то время как он утратил свою силу с 1 января 1997 года. Это было расценено как «общая правовая ошибка», повторяющаяся и в других пунктах. В итоге ФСБ делала по этому разделу такое заключение: «Ошибочное применение комиссией норм уголовного и другого законодательства вызывает сомнения в её выводах, что может повлечь, в свою очередь, нарушение прав человека по отношению к Президенту Российской Федерации».
ФСБ утверждала, что Всесоюзный референдум 17 марта 1991 года и его результаты не являются источником права.
Вторым пунктом обвинений фигурировал расстрел парламента в октябре 1993 года.
По второму пункту ФСБ отметила, что Верховный Совет работал неудовлетворительно в 1992–1993 годах. Именно поэтому Ельцин вынужден был издать Указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации», который и стал детонатором событий сентября-октября 1993 года. Всю ответственность за насилие и кровопролитие в Москве ФСБ признала за Верховным Советом и его бывшими руководителями (Р. Хасбулатов и А. Руцкой). Президент же действовал в состоянии крайней необходимости, чтобы предотвратить массовые беспорядки, погромы, разрушения, поджоги и другие антиобщественные акции.
Третьим обвинением в адрес президента явились события в Чеченской республике в 1990-е годы.
По третьему пункту ФСБ признала, что на территории Чечни к 1994 году сложилось опасное положений, и единственным действенным правовым инструментом для обеспечения законности, правопорядка и общественной безопасности на территории Чеченской Республики, которым располагал в то время президент Российской Федерации, являлся
В четвертом пункте обвинений в адрес Ельцина говорилось о сознательном ослаблении обороноспособности страны. Правда, комиссия отмечала, что она не нашла в его действиях намерения оказать помощь иностранному государству, и не сочла возможным выдвинуть против него обвинение в государственной измене, но признала, что он виновен в злоупотреблении должностными полномочиями, совершил тяжкие преступления.
Это обвинение ФСБ практически не рассматривала по существу, ограничившись констатацией того факта, что, дескать, комиссия вышла за рамки определённых ей полномочий и стала обсуждать вопросы, которые не в её компетенции, но должны решаться, по меньшей мере, одной третью от численного состава Государственной Думы.
Пятым, заключительным пунктом обвинений был «геноцид российского народа». Из-за обвального падения жизненного уровня россиян, разрушения системы медицинского обслуживания, безработицы началось вымирание населения. Более 32 миллионов человек живут в России ниже уровня, называемого «прожиточным минимумом». Задолженность по выплате ежемесячного пособия на детей выросла за время президентства Ельцина до 25 миллиардов рублей. Задолженность по пенсиям выросла до 30 миллиардов рублей. К концу 1998 года безработица в России, если её рассчитывать по методике Международной организации труда, составила около 8,6 миллиона человек, или почти 12 % экономически активного населения.
По данным Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности, в 1997 году по сравнению с 1991-м произошло снижение потребления мяса на 55 %, молока — на 41 %, яиц — на 31 %, рыбы — в 2,2 раза. Выросло потребление только картофеля да печёного хлеба. По данным министерства здравоохранения Российской Федерации, число заболевших на каждые 100 тысяч населения с 1992 по 1997 год росло следующим образом: сифилис — с 13,4 случая до 277, туберкулез — с 39 до 74, злокачественные новообразования — с 271 до 294, наркомания — с 3 до 28, психические расстройства — с 274 до 348, СПИД — с 0,05 до 2,7. Это сопровождалось сокращением числа медицинских учреждений и коек в них.