Особый протест в университетских кругах вызывал полицейский характер инспекции, что привело к студенческим волнениям в ряде университетов России. В результате, в Петербурге студент П.Карпович смертельно ранил министра просвещения Н.П.Боголепова.
В этот Период Вернадский предлагает: а) ввести полную автономию университетской профессорской корпорации; б) строго определить границы власти попечителя учебного округа; в) разрешить студенческие организации; г) ликвидировать инспекцию.
Он публикует статью «О профессорском съезде», где предлагает провести этот съезд без всякого на то разрешения и создать свой профессиональный союз. В марте 1905 года собрался съезд, заложивший основы Академического союза, на котором от Московского университета выступил Вернадский.
По результатам съезда, после доклада царю, в сентябре месяце состоялись первые выборы ректора Московского университета. Им был избран князь С.Н.Трубецкой, вскоре скончавшийся.
Но революция шла своим чередом — студенты разгромили химическую лабораторию Вернадского, который возмущённый этим хотел написать статью в газету, но его отговорили от жалобы на славную молодёжь.
Лето 1905 года «проходит в водовороте событий. Одна за другой выходят публицистические статьи Вернадского на злобу дня» (Г.Аксёнов).
Вернадский стоял у колыбели партии, учредительный съезд которой состоялся в Москве 12-18 октября, то есть в дни Всероссийской стачки и царского манифеста 17 октября.
В Центральный и Московский комитеты партии конституционных демократов (кадетов) был избран Вернадский, председателем партии избран Петрункевич, заместителем - Милюков, секретарём - Корнилов.
В доме Вернадского действовал секретариат кадетской партии как московского отделения, так и центрального комитета, решались
и университетские дела, так как Вернадский в это время становится помощником ректора университета. В этом качестве он пребывал полгода.
«События сделали друзей знаменитыми. В дополнение к книжке о 2-м земском съезде с их портретами выходит книга «Деятели освобождения», где Вернадскому посвящена, пожалуй, самая крупная статья среди других. Вероятно, не только из-за политического веса, а из-за богатства его жизни. Не посвятив себя целиком политике и не занимая в партии самых первых рядов, он становится ещё известен и как учёный, деятель просвещения, как один из «виновников» автономии университетов» (Г.Аксёнов).
В начале 1906 года в стране проходили выборы в Государственную Думу, все лидеры партии конституционных демократов были выдвинуты кандидатами в депутаты, и распределение депутатских мандатов между политическими партиями в Думе оказалось следующим:
Следует отметить, что большевики бойкотировали выборы в Думу первого состава, что позже было признано ошибкой, так как членство в Думе позволяло использовать её как «своего рода политический рупор» (по выражению Г.В.Вернадского - сына Владимира Ивановича).
Власть сделала несколько попыток сближения с кадетами, предложив им сформировать коалиционный кабинет с участием других либеральных групп, но руководство партии кадетов на это не пошло в ожидании полного политического краха действующего правительства.
В.И.Вернадский в выборах в Думу не участвовал, так как должен был от имени партии и университета войти в Государственный Совет, который должен был утверждать законопроекты, принятые Государственной Думой. Государственный Совет должен был на две трети назначаться из высших сановников, а на одну треть — выбираться из представителей общественных слоев и профессий. О составе Совета Вернадский позднее писал, что «были люди с именами и большим внутренним содержанием... Но не они задавали тон».
Вернадский недолго проработал в составе Государственного Совета (с апреля по июль 1906 года). В июне была распущена Дума, часть депутатов подписала воззвание с протестом, а Вернадский подал прошение о выходе из состава Государственного Совета.
В начале 1907 года Вернадский входит в редакцию московской кадетской газеты «Новь», где публикует, в частности, такие статьи, как «Академия Наук в 1906 году», «Смертная казнь», противником которой он неизменно выступал, «О новых выборах в Думу», «Наука и проект университетского устава А.Н.Шварца». Последняя была вызвана тем, что этот проект устава предусматривал прекращение научных исследований в университетах.
При подготовке к новым выборам Ленин «задумал принять участие в выборах не для того, чтобы поддержать Думу, а для того, чтобы расколоть её изнутри. Речь шла не о борьбе единой Думы с кабинетом, а о борьбе внутри Думы против либеральных кадетов, что представлялось Ленину главной задачей момента» (Г.В.Вернадский «Ленин - красный диктатор», М., «Аграф», 2000).